9fzd

Structure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fzd
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	Structure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39
关键词 keywords	Porin, Nanobody, Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.17 Å
零角强度 I(0) i0	18054700.00
分子量 molecular_weight	31926.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39608 Å³
包络体积 envelope_volume	48906 Å³
水化壳体积 shell_volume	17206 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.13 Å
包络 Rg envelope_rg	28.69 Å
形状 Rg shape_rg	28.15 Å
总 Rg total_rg	28.44 Å
总原子数 total_atoms	4412
残基数 n_residues	294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6859
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.704
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.234
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3264000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.316; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.115; Smooth: 0.851

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein A
分子量 formula_weight	19284.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4460

MSAPKDNTWYTGAKLGWSQYHDTGFIPNNGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYVGFEMGYDWLGRMPYKGDNINGAYKAQGVQLTAKLGYPITDDLDIYTRLGGMVWRADTKANVPGGASFKDHDTGVSPVFAGGVEYAITPEIATRLEYQWTNNIGDAHTIGTRPDNGMLSLGVSYRFA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 39
分子量 formula_weight	13189.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPSQRQLVESGGGLVHTGGSLKLSCVPNGSIFNFNPMGWYRQVSGQQRELVATLTRDGVENYASSVKGRFTISRDSAKNTLYLQMTDVKPGDAAVYICHANYRIGRNDLPVWGKGTPVTVSA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.398 Å
晶胞边长 b length_b	52.572 Å
晶胞边长 c length_c	256.746 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	44.800 Å
R 因子 r_factor	0.2569
R_work r_work	0.2556
R_free r_free	0.2829

fit	/app/data/saxs_computation/fz/9fzd/9fzd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fz/9fzd/9fzd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fz/9fzd/9fzd.dat

Structure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)