9g0r

Xenopus laevis undecorated microtubule - 15 protofilament, 4-start helix

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 223.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g0r
沉积日期 deposition_date	2024-07-08
结构标题 title	Xenopus laevis undecorated microtubule - 15 protofilament, 4-start helix
关键词 keywords	Microtubule Tubulin Cytoskeleton Filament, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.91 Å
零角强度 I(0) i0	5046640000.00
分子量 molecular_weight	583370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	721770 Å³
包络体积 envelope_volume	992120 Å³
水化壳体积 shell_volume	124640 Å³
包络直径 envelope_diameter	237.2 Å
壳层 Rg shell_rg	65.77 Å
包络 Rg envelope_rg	64.68 Å
形状 Rg shape_rg	65.92 Å
总 Rg total_rg	65.87 Å
总原子数 total_atoms	80365
残基数 n_residues	5172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.9 Å
Rg (实空间) rg_real	65.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1670e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5045000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8753
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	154700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.743

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin beta-4 chain
分子量 formula_weight	49862.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	80365

MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGAYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKYVPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEGEFEEGEEEENA

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin alpha chain
分子量 formula_weight	50118.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f

MRECISVHIGQAGVQMGNACWELYCLEHGIQQDGIIPDDKTAVMDSSFGTFFSETGSGKHVPRAVFVDLEQTVIGEIRTGHYRSLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIVDSVLDRVRKMADQCSGLQGFLIFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSVYPAPQISTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICNRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLVTYSPIISAEKAYHEQLSVPEITNACFEYSNQMVKCDPRRGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTRKSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTAVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYSKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGTESGDGGDEEEDEY

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	88893

fit	/app/data/saxs_computation/g0/9g0r/9g0r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/9g0r/9g0r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/9g0r/9g0r.dat

Xenopus laevis undecorated microtubule - 15 protofilament, 4-start helix

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)