9g5g

Glycoside Hydrolase Family 157 from Labilibaculum antarcticum (LaGH157) in complex with Laminaribiose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g5g
沉积日期 deposition_date	2024-07-16
最后修订 last_revision	2025-05-21
结构标题 title	Glycoside Hydrolase Family 157 from Labilibaculum antarcticum (LaGH157) in complex with Laminaribiose
关键词 keywords	Glycoside hydrolase, endo-beta-1, 3-glucanase, cazyme, ligand complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.33 Å
零角强度 I(0) i0	830022000.00
分子量 molecular_weight	242770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	305050 Å³
包络体积 envelope_volume	398920 Å³
水化壳体积 shell_volume	73439 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.3 Å
壳层 Rg shell_rg	50.30 Å
包络 Rg envelope_rg	43.70 Å
形状 Rg shape_rg	44.32 Å
总 Rg total_rg	44.65 Å
总原子数 total_atoms	17131
残基数 n_residues	2112
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	830100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.653
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.723

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
分子量 formula_weight	61514.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17320

MQSKTKIELKDNWYHLDGEKYFIKAIGYEIGARPGQAPYEDERKDELELMKFDLENIKEGGYNTIRTWSQYSENQLKLVQESGLKLIMGIDIKPEEDYGDPEFVKDSEIELKRVLNYAKKYDCIITYLVINEPQTDHIHSVTGKAFVDLMNTLINIIHKGHPGIPVTLSANAMISDYMDESIFDVYAYNCYDHNEGQTATMGFKDYIKGLNELNGLDKPFITTEFGYSVSPEGGNGQYGSNTLKQQSDGLISNYRDLIDAGAVGMCPFYYADGWWKGGEKSDHSLNQPEEWFGFWGYSDLNDKYGTPRPVWFAMRDYMKGLIISPKNKSIHTNTKIPLELYNDKDVKKVVVKFRDKVIYSKNITSEGYMADELTIDPVGIEDMELAFEFYDSDNKIIKNESINILASKTAFELPELTIEVTPEKDLNEGKIASIKTKIETSENFTLLDDLKISYNTHLGWAIGSQASVSISDQLDKKIITSENFFNIPDNCWVVNASAGISVRYGKFTFKIHDQKIIYRGDWAKEVGRKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Labilibaculum antarcticum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1717717
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	208.628 Å
晶胞边长 b length_b	208.628 Å
晶胞边长 c length_c	165.285 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.710 Å
最低分辨率 resolution_low	121.950 Å
R 因子 r_factor	0.2139
R_work r_work	0.2108
R_free r_free	0.2723

fit	/app/data/saxs_computation/g5/9g5g/9g5g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/9g5g/9g5g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/9g5g/9g5g.dat