9g5m

N-Acyl-D-amino-acid deacylase (D-acylase) from Klebsiella pneumoniae in an open conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9g5m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9g5m
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9g5m
沉积日期 deposition_date2024-07-17
最后修订 last_revision2025-06-18
结构标题 titleN-Acyl-D-amino-acid deacylase (D-acylase) from Klebsiella pneumoniae in an open conformation
关键词 keywordsN-Acyl-D-amino-acid deacylase, D-acylase, amidohydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.52
零角强度 I(0) i053251300.00
分子量 molecular_weight54745.0 kDa
排除体积 excluded_volume67644 ų
包络体积 envelope_volume76836 ų
水化壳体积 shell_volume27952 ų
包络直径 envelope_diameter82.0
壳层 Rg shell_rg30.26
包络 Rg envelope_rg22.97
形状 Rg shape_rg22.49
总 Rg total_rg23.44
总原子数 total_atoms3859
残基数 n_residues479
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.1
Rg (实空间) rg_real23.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real5.3250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53250000.0000
解质量估计 total_estimate0.6339
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.3
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.297
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14730000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)