9g5z

Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g5z
沉积日期 deposition_date	2024-07-17
结构标题 title	Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF
关键词 keywords	Toxin-antitoxin system, Ribonuclease, Nanobody, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.73 Å
零角强度 I(0) i0	39706700.00
分子量 molecular_weight	48731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60712 Å³
包络体积 envelope_volume	75809 Å³
水化壳体积 shell_volume	24308 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.57 Å
包络 Rg envelope_rg	28.79 Å
形状 Rg shape_rg	28.77 Å
总 Rg total_rg	28.97 Å
总原子数 total_atoms	3427
残基数 n_residues	459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8199
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.720; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.498; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoribonuclease MazF
分子量 formula_weight	14952.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3448

MGSSHHHHHHSQDPIRRGDVYLADLSPVQGSEQGGVRPVVIIQNDTGNKYSPTVIVAAITGRINKAKIPTHVEIEKKKYKLDKDSVILLEQIRTLDKKRLKEKLTYLSDDKMKEVDNALMISLGLNAVAHQKN

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 11
分子量 formula_weight	13710.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

AQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYDMSWVRQAPGKGLEWVSAINRGGGSTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCATWWVDSYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.100 Å
晶胞边长 b length_b	102.100 Å
晶胞边长 c length_c	101.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.429 Å
最低分辨率 resolution_low	45.575 Å
R 因子 r_factor	0.2463
R_work r_work	0.2443
R_free r_free	0.2831

fit	/app/data/saxs_computation/g5/9g5z/9g5z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/9g5z/9g5z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/9g5z/9g5z.dat

Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)