9g66

Crystal structure of WT Rhizobium etli L-asparaginase ReAV in complex with L-Asn

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g66
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
结构标题 title	Crystal structure of WT Rhizobium etli L-asparaginase ReAV in complex with L-Asn
关键词 keywords	Rhizobium etli; amidohydrolases; L-asparaginases; site-directed mutagenesis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.49 Å
零角强度 I(0) i0	109889000.00
分子量 molecular_weight	78444.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96537 Å³
包络体积 envelope_volume	115170 Å³
水化壳体积 shell_volume	34664 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.19 Å
包络 Rg envelope_rg	27.45 Å
形状 Rg shape_rg	27.50 Å
总 Rg total_rg	28.16 Å
总原子数 total_atoms	5466
残基数 n_residues	718
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6168
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	L-asparaginase II protein
分子量 formula_weight	39570.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6206

GIDPFTMTPSEDFVVTDRGGIVENSHRVHAAVVDAKGRLLYALGNPTRMTLARSAAKPAQALAILETEGVAGYGFDDADIALMCASHSSEDRHIARTRAMLSKIKAEEADLRCGGHPSLSEMVNRSWIKQDFIPTAVCSNCSGKHVGMLAGARAIGAGTDGYHLPDHPMQGRVKRTVAELCDLDAGDVEWGTDGCNLPTPAFPLDRLGRIYAKLASAADGSDAGEGQSTRCAALAHIFRAMARHPEMVAGEGRYCTMLMRAFDGALVGKLGADASYAIGVRASDATRQLGTDGALGISVKIEDGNLEMLYAVVTELLERLGIGSPDVRSQLASFHHPQRVNTMGVTTGGVSFPFKLRGSKSNVDDPRLAAVAR

来源 Source

来源生物 organism	Rhizobium etli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29449
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ASPARAGINE
分子量 formula_weight	132.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	635

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7. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	77.964 Å
晶胞边长 b length_b	91.329 Å
晶胞边长 c length_c	106.061 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	45.660 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1737
R_free r_free	0.2210

fit	/app/data/saxs_computation/g6/9g66/9g66.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/9g66/9g66.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/9g66/9g66.dat