9g69

Cryo-EM structure of CdaA-DAC domain in complex with GlmM

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 102.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g69
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of CdaA-DAC domain in complex with GlmM
关键词 keywords	cyclic-di-AMP cyclace, Inhibitor, Complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.32 Å
零角强度 I(0) i0	125074000.00
分子量 molecular_weight	70871.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81079 Å³
包络体积 envelope_volume	143140 Å³
水化壳体积 shell_volume	39926 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.94 Å
包络 Rg envelope_rg	29.61 Å
形状 Rg shape_rg	30.32 Å
总 Rg total_rg	30.93 Å
总原子数 total_atoms	5053
残基数 n_residues	1028
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6723
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.298
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.126
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoglucosamine mutase
分子量 formula_weight	48521.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.2.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5053

MGKYFGTDGVRGEANVELTPEMAFKLGRFGGYVLSQHELGTPKVYVGRDTRISGQMLASSLISGLLSVGIEVYDLGVIATPGVAYLVKKDGASAGVMISASHNPALDNGIKFFGGDGYKLEDEKELEIEALIDAEEDTLPRPSAQGLGMLHDYIEGVRKYQAFLKTTAEGNFEGYKVVLDTANGAAYTSARAVFADLEANLTVIGENPDGLNINVKVGSTHPEAMAKKVVETGSDLGLAFDGDADRLIAVDENGEIVDGDKIMFIVGKYLLGQGKLAQDTLVTTVMSNLGFHLALEEAGINSVITAVGDRYVVEEMKKNNYNFGGEQSGHMIFLDYNTTGDGQLSAIQLLKVMRETGKSLSELASEVTIYPQKLVNVRVKDNAAKKSAMDVPAIQKVISEMETSMNGKGRILVRPSGTEPLLRVMAEAPTHEEVNHVVDTIVEVVEAEIGVK

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis subsp. lactis

Entity 2 polymer

描述 description	Diadenylate cyclase
分子量 formula_weight	32433.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.85
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MTDFNQFFNLEFWQKIFELNESPLRIAIAVLDIAIVSFFLYQAIRFVQGTKLMTLVRGVIIFIFIRIIAGLIGLTTVEWLLNQVITYGVIAGVIIFQPEIRRALESLGRTTTLFTPTKKGSLDGHISAYEKSFAYMSERKIGALIAIERGQNLNEFVSTGIRLDADITSELLINIFIPNTPLHDGAVIVQGNKIAVTSAYLPLTEKSGISKQFGTRHRAAIGLSEVSDALILVVSEETGGISVAHNGEFFADISKEKFHDILVAILVPKVEKTVRGTGRIRKNKVEEKKNGK

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis subsp. lactis

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	133430

fit	/app/data/saxs_computation/g6/9g69/9g69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/9g69/9g69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/9g69/9g69.dat

Cryo-EM structure of CdaA-DAC domain in complex with GlmM

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)