9g6i

Crystal structure of S. epidermidis ClpP in complex with bortezomib - cocrystallization

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g6i
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Crystal structure of S. epidermidis ClpP in complex with bortezomib - cocrystallization
关键词 keywords	Peptidase, ClpP, Proteolysis, Antibiotics, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.16 Å
零角强度 I(0) i0	1130750000.00
分子量 molecular_weight	280100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352070 Å³
包络体积 envelope_volume	496440 Å³
水化壳体积 shell_volume	94950 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.56 Å
包络 Rg envelope_rg	39.30 Å
形状 Rg shape_rg	42.16 Å
总 Rg total_rg	42.61 Å
总原子数 total_atoms	19692
残基数 n_residues	2520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1131000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8358
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	513300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.051

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	22106.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	21510

MNLIPTVIETTNRGERAYDIYSRLLKDRIIMLGSQIDDNVANSIVSQLLFLQAQDSEKDIYLYINSPGGSVTAGFAIYDTIQHIKPDVQTICIGMAASMGSFLLAAGAKGKRFALPNAEVMIHQPLGGAQGQATEIEIAANHILKTREKLNRILSERTGQSIEKIQQDTDRDNFLTAAEAKEYGLIDEVMEPEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus epidermidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1282
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
分子量 formula_weight	384.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1746

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	95.340 Å
晶胞边长 b length_b	124.000 Å
晶胞边长 c length_c	127.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	44.960 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1776
R_free r_free	0.2072

fit	/app/data/saxs_computation/g6/9g6i/9g6i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/9g6i/9g6i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/9g6i/9g6i.dat

Crystal structure of S. epidermidis ClpP in complex with bortezomib - cocrystallization

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction