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Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 166.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g7g
沉积日期 deposition_date	2024-07-21
结构标题 title	Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris
关键词 keywords	Ubiquitin, Clippase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.34 Å
零角强度 I(0) i0	2335820000.00
分子量 molecular_weight	399870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	499030 Å³
包络体积 envelope_volume	702640 Å³
水化壳体积 shell_volume	112230 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.6 Å
壳层 Rg shell_rg	56.82 Å
包络 Rg envelope_rg	50.01 Å
形状 Rg shape_rg	51.32 Å
总 Rg total_rg	51.59 Å
总原子数 total_atoms	28245
残基数 n_residues	3714
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2337000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8690
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.251
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	208700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.732

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	PaJOS
分子量 formula_weight	27797.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	28965

TTLVNVDALAVESQVQAVPESDAQIGAARSPWDQALRDRFDAALLPALGPVPHDQFHVEPQVASACAIHSINAFVGGPAFDIPTFTTWSTASTAAFIGDDADALAPESAASGFSPHRVERALNLLDGTPATQGKDWNIGVSILSPRSGAAMITQVTLPALGDTDRLIFDVKVGSDARTAAGADDIDHFVAFRKDDQGAWWLLDSRSSEVHAPPGQESSGSPLRRQIEPQAWLNEITTTAHLKTVALIGPGITGQSLTDVPRAST

来源 Source

来源生物 organism	Pigmentiphaga aceris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1940612
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 3 non-polymer

描述 description	prop-2-en-1-amine
分子量 formula_weight	57.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	598

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	131.946 Å
晶胞边长 b length_b	81.316 Å
晶胞边长 c length_c	167.392 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	49.030 Å
R 因子 r_factor	0.2043
R_work r_work	0.2041
R_free r_free	0.2309

fit	/app/data/saxs_computation/g7/9g7g/9g7g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g7/9g7g/9g7g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g7/9g7g/9g7g.dat

Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)