9g7i

;Structure of carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) in complex with acetyl-Coenyzme A from Clostridium autoethanogenum ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 202.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g7i
沉积日期 deposition_date	2024-07-21
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	;Structure of carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) in complex with acetyl-Coenyzme A from Clostridium autoethanogenum ;
关键词 keywords	Carbon monoxide, acetyl-CoA, Wood-Ljungdahl pathway, C-cluster, A-cluster, gas channelling, acetogenic bacteria, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.08 Å
零角强度 I(0) i0	1238750000.00
分子量 molecular_weight	294960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	369600 Å³
包络体积 envelope_volume	515530 Å³
水化壳体积 shell_volume	76769 Å³
包络直径 envelope_diameter	221.6 Å
壳层 Rg shell_rg	53.53 Å
包络 Rg envelope_rg	61.15 Å
形状 Rg shape_rg	61.15 Å
总 Rg total_rg	60.60 Å
总原子数 total_atoms	20464
残基数 n_residues	2661
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.2 Å
Rg (实空间) rg_real	60.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1235000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7788
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.594
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.323
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.082

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	CO-methylating acetyl-CoA synthase
分子量 formula_weight	76991.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.169
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	20497

MNLFQTVFTGSKQALAAAEGIVKQAVDEKGRDYKVAFPDTAYSLPVIFAATGKKITNVGELEGALDIVRSLIVEEEMLDKLLNSGLATAVAAEIIEAAKYVLSDAPYAEPCVGFISDPIIRSLGVPLVTGDIPGVAVILGECPDSETAAKIIKDYQSKGLLTCLVGKVIDQAIEGKVKMGLDLRVIPLGYDVTSVIHVVTIAIRAALIFGGIKGGQLNDILKYTAERVPAFVNAFGPLSELVVSAGAGAIALGFPVLTDQVVPEVPTLLLTQKDYDKMVKTSLEARNIKIKITEIPIPVSFAAAFEGERIRKNDMLAEFGGNKTKAWELVMCADQGEVEDHKIEVIGPDIDTIDKAPGRMPLGMLIKVSGTNMQKDFEPVLERRLHYFLNYIEGVMHVGQRNLTWVRIGKEAFEKGFRLKHFGEVIYAKMLDEFGSVVDKCEVTIITDPGKAEELEGKYAVPRYKERDARLESLVDEKVDTFYSCNLCQSFAPAHVCIVTPERLGLCGAVSWLDAKATLELNPTGPCQAVPKEGVVDENLGIWEKVNETVSKISQGAVTSVTLYSILQDPMTSCGCFECITGIMPEANGVVMVNREFGATTPLGMTFGELASMTGGGVQTPGFMGHGRQFIASKKFMKGEGGLGRIVWMPKELKDFVAEKLNKTAKELYNIDNFADMICDETIATESEEVVKFLEEKGHPALKMDPIM

Entity 2 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase
分子量 formula_weight	67977.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MEEKAKSIDQATLQLLDKAKQDGVETVWDRKADMKVQCGFGSAGVCCRNCSMGPCRVSPVPGKGVERGICGATADVIVSRNFARMVAAGTAAHSDHGRSIALSLYHTSKDGDIKVKDENKLKEVAKSFNVETEGRDIYDIAHDVAKEGLSNYGKQLGEVTLPPSLPEKRKELWRKLGVYPRAVDREIAAVMHSTHIGCNADAEAMIKMSMRCSLTDGWMGSFMGTEFSDIMFGTPHSIDTEANLGVLEKNSVNVVLHGHEPLLSEMVVEAASDPELVELAKSVGADGINLCGMCCTGNEVSMRHGIKIAGNFMQQELAVVTGAVDGLIVDVQCIMPALAKLSKSYHTKFITTSPKAHITDSIYMEFDEENPLDSAKKILKEAILNFKNRDQSKVMIPELKCKAILGYSVEEIINKLDKVVNTQIGPMQTVKPLADVLVSGVLRGAAAVVGCNNPKVVQDSAHIETIKGLIKNDVIVVVTGCAAQAAAKYGLLQKEAAEKYAGPGLATVCKLVDIPPVLHMGSCVDISRILDLVGRVANLLGVDMSDLPVAGVAPEWMSEKAVAIGTYVVTSGIDTWLGVAPPVTGGPEVVDILTNKMEDWVGAKFFIETDPHKAVEQIVNRMNEKRKKLGI

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	34

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 10 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 11 non-polymer

描述 description	FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER
分子量 formula_weight	410.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	298.077 Å
晶胞边长 b length_b	298.077 Å
晶胞边长 c length_c	127.526 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	49.680 Å
R 因子 r_factor	0.1917
R_work r_work	0.1902
R_free r_free	0.2202

fit	/app/data/saxs_computation/g7/9g7i/9g7i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g7/9g7i/9g7i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g7/9g7i/9g7i.dat

;Structure of carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) in complex with acetyl-Coenyzme A from Clostridium autoethanogenum ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)