9g8j

Structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima in complex with zoledronate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 157.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g8j
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
结构标题 title	Structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima in complex with zoledronate
关键词 keywords	Inhibitor, complex, enzyme, transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.90 Å
零角强度 I(0) i0	1080580000.00
分子量 molecular_weight	295840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	378400 Å³
包络体积 envelope_volume	473850 Å³
水化壳体积 shell_volume	79619 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.1 Å
壳层 Rg shell_rg	55.16 Å
包络 Rg envelope_rg	46.88 Å
形状 Rg shape_rg	47.92 Å
总 Rg total_rg	48.07 Å
总原子数 total_atoms	20915
残基数 n_residues	2876
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.5 Å
Rg (实空间) rg_real	48.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1081000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6696
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.612
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	138000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.044; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.791

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
分子量 formula_weight	78217.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20925

MRGSHHHHHHYVAALFFLIPLVALGFAAANFAAVVRKPEGTERMKEISSYIRSGADSFLAHETKAIFKVAIVIAILLMIFTTWQTGVAFLLGAVMSASAGIVGMKMATRANVRVAEAARTTKKIGPALKVAYQGGSVMGLSVGGFALLGLVLVYLIFGKWMGQVDNLNIYTNWLGINFVPFAMTVSGYALGCSIIAMFDRVGGGVYTKAADMAADLVGKTELNLPEDDPRNPATIADNVGDNVGDVAGLGADLLESFVGAIVSSIILASYMFPIYVQKIGENLVHQVPKETIQALISYPIFFALVGLGCSMLGILYVIVKKPSDNPQRELNISLWTSALLTVVLTAFLTYFYLKDLQGLDVLGFRFGAISPWFSAIIGIFSGILIGFWAEYYTSYRYKPTQFLGKSSIEGTGMVISNGLSLGMKSVFPPTLTLVLGILFADYFAGLYGVAIAALGMLSFVATSVSVDSYGPIADNAGGISEMCELDPEVRKITDHLDAVGNTTAAIGKGFAIGSAIFAALSLFASYMFSQISPSDIGKPPSLVLLLNMLDARVIAGALLGAAITYYFSGYLISAVTKAAMKMVDEIRRQAREIPGLLEGKAKPDYNRCIEITSDNALKQMGYPAFIAILTPLVTGFLLGAEFVGGVLIGTVLSGAMLAILTANSGGAWDNAKKYLEAGNLEGYGKGSEPHKALVIGDTVGDPLKDTVGPSLDILIKIMSVVSVIAVSIFKHVHLF

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZOLEDRONIC ACID
分子量 formula_weight	272.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	101.185 Å
晶胞边长 b length_b	147.362 Å
晶胞边长 c length_c	252.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.260 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.2676
R_work r_work	0.2655
R_free r_free	0.3062

fit	/app/data/saxs_computation/g8/9g8j/9g8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/9g8j/9g8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/9g8j/9g8j.dat

Structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima in complex with zoledronate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction