9g8s

C3 reconstruction of extended phiCD508 needle

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 281.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g8s
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
最后修订 last_revision	2025-04-09
结构标题 title	C3 reconstruction of extended phiCD508 needle
关键词 keywords	Bacteriophage, virus, needle, baseplate; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.10 Å
零角强度 I(0) i0	24423800000.00
分子量 molecular_weight	1369800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1730200 Å³
包络体积 envelope_volume	2957100 Å³
水化壳体积 shell_volume	295730 Å³
包络直径 envelope_diameter	233.8 Å
壳层 Rg shell_rg	89.91 Å
包络 Rg envelope_rg	75.23 Å
形状 Rg shape_rg	78.10 Å
总 Rg total_rg	78.21 Å
总原子数 total_atoms	193849
残基数 n_residues	12255
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	281.3 Å
Rg (实空间) rg_real	80.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4130e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	80.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24520000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8984
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	98.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	0.160
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1870
最高正则化参数 α highest_alpha	6942000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 0.922; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Baseplate J family protein
分子量 formula_weight	41502.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,A,H,B,I,D,J,E,K,F,L
原子数 atom_count	193849

MERELPIPVFLTEDEDSVHERMLSNFQDVSTLEGDFIYDATRPTAEQIAELKQLGLQNNLKIAFPQTSYGTYLEWLGECKGVFKNQPTKATGVITFTGVQGTIITKGTIVTTIATDEKQSIEFELLETKTIGENETVDIKAESRIVGTIGNVSKGSISVLLGSISGVKSITNKEDFRGGTDIEDEEHFRERVLVAEQEDKLSGASSDYIRWAKEVDGVGYAYVVSEWAGAGTVKVLILDKNRKAATQELIDKVQEYIYPLNISEGENRDGKAPIGALVTVVTPDTLLINVKASFIFSNGFSEETVLNNLKTKIDKYLDKIDLGGTVSYNAIQAIVGSMMLTDEGIEDFSNLTINDVKENIKLQDQVVGIGEIVNEVVG

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 2 polymer

描述 description	XkdT-related protein
分子量 formula_weight	18034.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,M,O,P,Q,R

MIASKKGKEMLLTLSPIYEQSIIMQSLYEAIGSEFDNLELLDEEIELQLFPQSATWGLGFWENRVGLITNLDEDMETRRRKVIAKLQSKYIMTPKRMSMILQSYTGANIKINENISPYTFGVELTSTQGFPKDLEDLYKRVNVIKPSHLAVSYKLVS

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 3 polymer

描述 description	Peptidoglycan-binding LysM protein
分子量 formula_weight	25899.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,S,U,V,W,X

MVIDIYLKNEKEKIDFHFPVNPQDSLSIKKEKRFETVDIVNLGEFDIKKEGEKIREISFKTFLPNLYDASYCRYSELKNPIEVVAMLEKWVDQAEPLRLIITGFGYNGLVTISSFSNTQTAGREEDRDIEITFRTYRELKIETLKKDTKSNTKTDLKDNRPNTQTKSKIYTVKASDTLYKIAKNLLGKGSRWPEIYNIPENKKVIGKNPNIIKKGQKLVIPSK

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 4 polymer

描述 description	XkdM-related protein
分子量 formula_weight	14657.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,Y,a,b,c,d

EEASFLNGSDVVILIDGVEELYMEEIKADFEQDEQSIKLLGCQNEISRVGTTKGSFSLNGYKTDSKFAKLGFRSFEIIYNLSNSETLGYESIRLKNCRLKKLPLINSKAGEIVKIEVEGSFRGYDLLNEL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 5 polymer

描述 description	Tail sheath
分子量 formula_weight	51405.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,e,f,h,i,j

EIPGFYNRFKAQAEKAAATGLKGRLAMPIRANWGDVGKVVTIKNDLRQLKNLFGDDMNYSAFKLGKLALLGNVKELLLYRLVDGNQKKGTLTLKDTTENSAKDVIKLETKYPTARNFNVTIKSNLVDSDKKDFIFFENTKQLFSSSIKGTIDEIVLEINSNLDNEYVIATKVADSDTILANVVNQALEGGNDGCTSITNESYLKALEEFERYSFDSFVLDGVADEALQETTKAWVAKNKELGKDILLFLGGKTEDNIKQINDKSKSFNDENIVNVGSSAYYENIKYTPSEVAVYIAALSVSKGITGSICNAKTIFEEVEPRLSQSEVKECLKSGTLVLDFDDGDVIIVDDVNTFKKYVDDKNEAMGYISNIMFINTINKDTSLKRKEFVGKIFNDATGQTTVICALKKYFEELMSQGIISEFNVDIDTELQATAKADEFYWKWDAVKVDVMKKIYGTGYL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 6 polymer

描述 description	XkdS-related protein
分子量 formula_weight	14454.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,k,l,n,o,p

LDLKGSFLFDFEKGEFVKNADGTLKKCDKVQAYKQWCQKAILTPRYKKAAYTNIYGSEIKDLIASNLSQSAKELEITRLIKETILVHPYTKEVGEFSFNWLENSRLVEYEFDVLTIDDENIVIDG

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 7 polymer

描述 description	Phage protein
分子量 formula_weight	12476.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r,v,s

FNGIARILKENMNKSVANGTFGMGCELAEITANGLKVNGYKDEIQDYLVLENLTLKEDYFTFSDEALSGEYRHKHKIETPKELKPLRIGDNVLVAVMGAEFVVIGRVVNAKP

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 8 polymer

描述 description	XkdQ-related protein
分子量 formula_weight	36291.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q,t,u

KIILNGKYDIANFNEGITLSEAIDGVAYKMDVSLVEPKQLKDINIKKGDKIILIDIAYESKKEETIFDGVVWETRRSEKSKKLTLSCRERTVYMEESEEQYQFKENTATQRIEYYCKQWNIPYYNLANTGKKLAKVIHKTNILDMIKKDLKETATKGGDLFRVRMDNKLKLFKLGTNANVYKLDSILEDANFTSSFNDAVTSVKVLGKSKDENTKAPIIGTYKKDADKFGTLQKIKQDEKIKNAKEAKKAAEAMFNSGEETISVDCAVDINRIRAGDKVSLKSKEYYVIDVTHTLDSRPKMKLNIGSLEYIRRKFY

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 9 polymer

描述 description	Tail tape measure
分子量 formula_weight	150075.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w,x,y

MREIAKKEMYHIDVVISAKGDGETKSKLSAMEKYMKQTEKRMQTLNRIKVNPAIKATDKASSVVNRVNNNMNKAKKTVTARIKATDNASPVANRASNNVNKAKKTVTARLKATDNASSTVNKVNNKIKEVAKPVPPVIIRGQDESSSIIDKVKAKIQNLKADTIIKIKSQADEAINTISRTKNKLQEFVSKRYEAAVKIRDEASSALRGLTGKIDSFVSGAISKFARLATTAGALIGGIGVGSAVKGFATFEQSMKNTQAVSGATGKEMEALTAKARQLGRETSFTAKDAGDAMYYMGMAGWKSEQMIKAIPDVLNLAAAGGTDLALTSDIVTDGLTALGMTANDTTEFVDVMAATITNSNTSVELMGETFKYVGSMGGALGVSMKDLSLATGLMASASVKGSMAGTSLRGGLVRLIKPPEEAASAIKKYGIELKKNKNGSLDLAGTIGSLREKLGGLKDVEKGVAISSIFGRTAMAGWAAVVNASESDFNKLTTAIAESEGEAKRIADMKLDTLSGQFEILKSAIDDVRISVGQRLGPMTRGFVEDLIKKMPQIGDAIVGVVEKFVNNFDKIKAGFQVLLPAIGSVIASVMVLKATFAFGGAIKSLSLLASTFGTAKLVAFGLTVGIGAIVIAFAGMTVAISNNKTAMMDLQTRFGSFGEYVTTIMETVGGVIKLTLGNLLIMLGGIGKGIGILLSDKSWDEKASSLKNLFGKTTAEIKTNTKEALSDINGETSNATALLKKSTSKELQGVTKAFSTAFDQSKNVTEKKSSDIARALTNGLKGLDDQSLTMMRGLNDNMAIILSGVTADMKPSDKVNKITKNLDDAFKAGKLSAQEYRSSIQETLNFISKYSADSSNNLKQGMSDAFNAFKEGTNIGGLKDGVTGMLNSLKATGPQALETLKGLGGKASEIFKGVDFNSSIDAQKTKVLQNLNSLGLEGTQAIDTLRTIFSQASSALDTTNLKQGLSNTFNSFKEGFNSGGIKNAINSMLGTINQAGPQMQQALGKMDGKMGQVFANVDFSTPIETQASKVLENLNNLGIEGPKALETVRSIFAQASSQIQGSASQTAQQANQEVANALTQGNPAVQQAGQQLGTDLTNGVVNGVQAGVPVVQQKSNELATATQNGVTNAVNSATPQIDNSNLTSGIDTAFNQATATVQQGASSMYNGAKQSFTQLAQIGREAGSSLYNGATTSFNMLATNVRVACSSMYNGARTSFTSLSSSAISAISAMCSSVVSQVSAMSSQIISYWNSVRATVSAPITASFNVKTTQTTVKRTVNESSGGILGNILDRFADGGVATRTSICGENGAEMVIPLTNTRRSRAIELYEQTGKMLGLGSTPSQKVGNSNIVNNVRQFPLANVLDTDNKEYKEATPNSVNSSNNTINLGGISINVQNSDNKEEMIQELLSQVESGIREALQDIG

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides phage phiCD508
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3075937
宿主生物 host_organism	Clostridioides difficile

Entity 10 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17759

fit	/app/data/saxs_computation/g8/9g8s/9g8s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/9g8s/9g8s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/9g8s/9g8s.dat

C3 reconstruction of extended phiCD508 needle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)