9g98

Joint neutron and x-ray structure of alginate lyase PsAlg7C soaked with pentamannuronic acid

D_max: 55.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g98
沉积日期 deposition_date	2024-07-24
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Joint neutron and x-ray structure of alginate lyase PsAlg7C soaked with pentamannuronic acid
关键词 keywords	alginate lyase, complex, beta jellyroll, alginate, LYASE; LYASE

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.61 Å
零角强度 I(0) i0	12461400.00
分子量 molecular_weight	26140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32490 Å³
包络体积 envelope_volume	36115 Å³
水化壳体积 shell_volume	17796 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.16 Å
包络 Rg envelope_rg	16.91 Å
形状 Rg shape_rg	16.65 Å
总 Rg total_rg	17.48 Å
总原子数 total_atoms	3559
残基数 n_residues	231
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8182
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.089
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3152000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Alginate lyase
分子量 formula_weight	25138.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4232

FLTAVSSIDTFLPVLNEAKLQWPTSALAASSEELLGGYVGSQFYLQDGKYMQFQIAGSSNRCELRQMIPDGGSEIGWAVDDGTTHTATSSIVVPEQVDGVEEVTIMQIHSGEAPQLRISWIRSKSLDGVAYEDFIMSTVRIGTGDSSDNFVKTHLADRTAGAMSFQIDVKDSKLTITVNGNVVVNGQDLSFWDGTDSCYFKAGAYNNNPTSESATARIKFAALAWVDHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paradendryphiella salina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	179392
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid
分子量 formula_weight	352.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid
分子量 formula_weight	546.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.089 Å
晶胞边长 b length_b	61.451 Å
晶胞边长 c length_c	91.882 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

fit	/app/data/saxs_computation/g9/9g98/9g98.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/9g98/9g98.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/9g98/9g98.dat