9g9h

CryoEM structure of Enterococcus italicus Csm-crRNA-CTR1 complex bound to pNppA3 and AMPNPP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 164.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g9h
沉积日期 deposition_date	2024-07-25
最后修订 last_revision	2025-01-29
结构标题 title	CryoEM structure of Enterococcus italicus Csm-crRNA-CTR1 complex bound to pNppA3 and AMPNPP
关键词 keywords	Type III-A CRISPR-Cas RNA-guided nuclease Endoribonuclease cyclic oligoadenylate synthetase HD nuclease, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.49 Å
零角强度 I(0) i0	2135360000.00
分子量 molecular_weight	249500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	238010 Å³
包络体积 envelope_volume	422430 Å³
水化壳体积 shell_volume	74279 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.60 Å
包络 Rg envelope_rg	48.32 Å
形状 Rg shape_rg	48.56 Å
总 Rg total_rg	48.43 Å
总原子数 total_atoms	18810
残基数 n_residues	2252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.9 Å
Rg (实空间) rg_real	48.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2134000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6218
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.419
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	209400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.044; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.715

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
分子量 formula_weight	88294.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18810

MHHHHHHHHHHLEVLFQGPSNKKLELMYGSLLHDIGKIVYRSNSVDFAKGTHSKIGSQFLNKFKPFQLSGIVDSVSYHHYKELASSSLLDDSVAYITYIADNIASGTDRRASEGDYEGEGNRQRFDKRAPLASIFNVVNSETKGLANYTYSFEKEQVYRYPTDAKKEYTSSQYAALVNKMTDDLSNKLKVGPDSFSSLLQWTESLWSYIPSSTDTNQVMDVSLYDHSKITCAIASCIYDYLTEMNCVNYRKELFSPYEKTKQFYQEDVFLLVSLDMSGIQDFIYNISGSKALKSLRSRSFYLETMLESLVDDLLSDLELSRANLLYTGGGHAYLLLPNTERARDVLASFEGEMKEWFIKIFKTDLSVAIAYKACTGEDLMNSNGTYSDLWQTVSRKLSDKKAHKYSLNEIKLFNSTIHAGTQECKECLRSDIDISEDSLCKICEGIIAISNDLRDYSFFVVSPEGKVPLPRNRYLSVENQDGAERKIKMNKETRIYSKNQPFVGKQLVTNLWMCDYDFSTLNPETKKQGIASYVNREVGIPRLGVLRADIDNLGTTFIKGIPEQYRSISRTATLSRQLSMFFKFELSNILKGARISVIYSGGDDLFLIGAWDDVISKALVLRKAFTRFSAGKLTFSAGIGMYPVKYPISKMASETGVLEDLAKRGEKNQVALWNDSKVFGWSQLEEQILKEKMIPLQEALTNSQEHGKSFLYKMLELLRNEDQINIARLAYLLARSSLSEELTQSIFAWSQNKQQKVELITAIEYLVYQIREAD

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm5
分子量 formula_weight	43328.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MIEKVYQVKLKVYGPVHIGSGKIIRKQEYIYDRRKSLAHIVDGPNLVKFLNKKGKFTAYLQYLNTTKERADLYTFLRQEQIDTNDWKTFVLYTERVNQGKIDMKDHNPYSRTSTNRRQVDKGMNDLHLFVRDGRGDLYIPGSSLKGALRTVLEGANQSAEAFHSLSISDSLPIDPKNLAIYQKIDINKELKPMPLYRECVNVGTTVEFTMKINSDDWTIEKIEKQIQQAYLQYWNKWFVGMVTTPGGKAFIKGGGLPSVLHAKHRPTVLFLGGGTGFPSKTTHYLQKPKEQAQKDIFAILQRRFRNVYGKMATVPKNVPMVLKGTVNDSTNKWYQQGVCLLEFQPIGEALEVLFQGPGGGWSHPQFEKGGGWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm2
分子量 formula_weight	16523.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B

MELAKTKTGEMIDLNFARKVVEENKRVKDNRGRQEIVLFNGLTTSKLRNLLELINHVYTKVYNSDDTTLSEDVRDELEYLKVKFAYESGREPAVRTFIEKTYVDKLVDVVLKKNTKKIFLDYCKYFEALVAYAKFYRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	23500.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,E,D

MYSKIRIVGKIDVLTGLHIGGGGETSMIGAIASPVVRDPYSRLPIIPGSSIKGKMRSLLAKHIGLIPGQKMHNQDAPEILRLFGSSQKGAIQSSRLQISDAFFSKASQEEFDKKDLAYTETKFENTISRLTAVANPRQIERVTRGASFDFHIIYNVENINEVMADFENIKTAIHLLENDYLGGGGTRGNGRIRFVIDSIDTVVGDFDSSNLSIK

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm4
分子量 formula_weight	34358.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MNQLVVKLVKLTFKSPVHFGMKRLSDSNHTIAADTLFSALIIEALQQQLELSHLLNNLVITDLFPYNKTSYFLPKPLIRIEGKKGDESGYKAFKKLTYIPVENYSEYLRGEIDSLEASKIAESLNLGKASLSTKVSLQAVDHNGESEPYSVGNFTFYPESGLYFLAKGNADTIGQLEILMHALQYSGIGGKRSAGYGQFRCTIEDSGKFDSLLSQTGNIAILLSSAMASDEELVDCLEDARYLLKKRTGFVQSKTYADQLVKKKDFYAFSAGSTFYQKFNGKIFDVSDNGRHSVYRYAKAFWLEGKI

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	14645.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

ACGAGAACAUGCGCGACAUUCCGAAGAACGCUGAAGCGCUGGGGG

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus italicus DSM 15952
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888064
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	CTR
分子量 formula_weight	15021.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CCCCCAGCGCUUCAGCGUUCUUCGGAAUGUCGCGCAUUGGCAUGGAA

Entity 8 non-polymer

描述 description	adenosine-5'-[(beta,gamma)-imido]triphosphate-adenosine-monophosphate-adenosine-monophosphate
分子量 formula_weight	1164.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	66033

fit	/app/data/saxs_computation/g9/9g9h/9g9h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/9g9h/9g9h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/9g9h/9g9h.dat

CryoEM structure of Enterococcus italicus Csm-crRNA-CTR1 complex bound to pNppA3 and AMPNPP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)