9g9s

Crystal structure of PbdA bound to veratrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g9s
沉积日期 deposition_date	2024-07-25
结构标题 title	Crystal structure of PbdA bound to veratrate
关键词 keywords	Cytochrome P450, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.80 Å
零角强度 I(0) i0	119464000.00
分子量 molecular_weight	87205.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109030 Å³
包络体积 envelope_volume	131650 Å³
水化壳体积 shell_volume	34901 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.30 Å
包络 Rg envelope_rg	31.59 Å
形状 Rg shape_rg	31.78 Å
总 Rg total_rg	32.38 Å
总原子数 total_atoms	12199
残基数 n_residues	786
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8804
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.616
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.781

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450 CYP199
分子量 formula_weight	45972.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12744

MGSSHHHHHSSGENLYFQGHMFAPAPALPVSDADPFALDVLQDPLPFQANLRDAGPVVYLRRYDVFALGRYEQVHAALTDWQSFQSAAGVGLSNFRYETPWRPPSILLEADPPHHDAPRAVLSKILGPRALQKLRAAWIQDAEALVDQLLANTTEFDAVTDLAAAFPLRVFPDAVGIPDAGRENLLPYGDHAFNAFGPANGLVEKGAPRVAELSGWVNAQCARDALTGDGFGAQIWAAADRGDITYEQAPLVVRSLLTAGVDTTVNGLAAVLYAFATHPDQWARLRENRTLARTAFDEAVRWESPVQTFFRTATRDTEIGGATIPDGKKILMFLGAANRDPRRWENPEVFDLGRNPSGHVGYGMGIHQCVGQHVARLESEALLTALASRVHSLEIAGPVHRHLNNTLRSWESVPVKVRLP

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus jostii RHA1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	101510
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	3,4-dimethoxybenzoic acid
分子量 formula_weight	182.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	488

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.999 Å
晶胞边长 b length_b	55.357 Å
晶胞边长 c length_c	64.693 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.68 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.01 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	63.540 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2078
R_free r_free	0.2580

fit	/app/data/saxs_computation/g9/9g9s/9g9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/9g9s/9g9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/9g9s/9g9s.dat

Crystal structure of PbdA bound to veratrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction