9gai

3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 208.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gai
沉积日期 deposition_date	2024-07-29
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ)
关键词 keywords	anaerobic aromate degradation, Fe/S clusters, ATP, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.21 Å
零角强度 I(0) i0	5293700000.00
分子量 molecular_weight	605320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	753190 Å³
包络体积 envelope_volume	997750 Å³
水化壳体积 shell_volume	133260 Å³
包络直径 envelope_diameter	219.9 Å
壳层 Rg shell_rg	65.32 Å
包络 Rg envelope_rg	60.16 Å
形状 Rg shape_rg	61.23 Å
总 Rg total_rg	61.21 Å
总原子数 total_atoms	42281
残基数 n_residues	5396
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1380e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5295000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8825
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	468400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.855

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase beta subunit MbdO
分子量 formula_weight	49839.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	45019

MTLATQMTGEGKVLVGRGVYDGARLFRDWFDSLTEVAKRGEGAAYCFIAGNVIEVLRTFDIPATFPEINSLQTAFRNVSRDYINNAEDYGYSPDICGYVKIGVALQRRNGEHPMGKIPKPKIGMINNYCNTFIKWGEIWERTYNCPTINLDYPMTRSAGEKPKRGTQKFEYEKAYLKGQIEEAISVCERITGKKFDIDKFRQILAFSNDVNAGLKRVLELNRNKPAVFNAVTDGNIYMGVANALRGTEVASKYFKDLVEELEYRVVHGIGALDKGTEGTVPMKQSFRLALVGTPCYPIYRQFNEMFSRWGGIFVYSSYLDFASTGALTGYQYDLNDPIDSYAEGQLIMHASGSDSVFHESDNLKKLAPELGLDGVVFHPVKSCRTVSTGQADMRRIVANEMGLPTLFIESDLVDPDVVAEAPMRNRVDAFFEGLISRRQQQAASA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase gamma subunit MbdN
分子量 formula_weight	44111.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

MAKKYFTGWEGKPLEQIFDLCRELVEDPAYPTVKAWRADGGRVIGHFQVYFPEEIAHAAGLLPVRICGAQTDGNESESHFGSYLCSIIKTSLDIALTKNIELDLFVTHPICDAARNLAPIWGRNFDYKCQILYLPQNPNSKHSKSYLANEYRRLLGDIESVAGRKITEQELRASVNLYNHSRRLMRDLYVIRKNQPWLLGADESMALVGLAGILPRSEFVELLEAVIPMILDRQASRQDKMRVVLEGGFCETPPFDLLQTITRSCYVVDDDVFIGLRFIVEDVVDSGDALADLADAYIDHSSYSPVQHDQRKPKEHMLLERVRNADAETVILASAKMCEPGLEEQVAYSKALEEAKIPYFISEFEENQNTFDQLAIQLETFVENIMFD

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase delta subunit MbdP
分子量 formula_weight	29350.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

MVYTIGVDIGSTYIKGLVLDEDSNIVAHHMRPTGADLQGAAELVVNETAEQAKINKGDLAYCITTGYGRYQYSGRDLQVTDLTATARGAVFLFPETRTVLDIGGQTMKASRLDGFHKVRTFRLNDKCASGTGMFLEKTVRYMGYDTAGIDGLLNSAKEAASISGVCTVFAESEVINHLSNSVPPEDIMYGAGMSLTKRSVQLLKRINVESQITLVGGIMRWGVMAKAIRDELNLGANVASGDMPQFTAALGCAILGHLRLKKLRGSGGDRRAA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase alpha subunit MbdQ
分子量 formula_weight	28376.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

MKYTGGVDVGSTQTKAVILNEHQEIVGRALIFTGADVIQAAHSAFEQALASAKLKRSHVGYVIGTGYGRYKVTFGDRQVTEISCHGRGASHMFPGTQTVIDMGGQDTKAIRVAPNGEITDFCMNDKCAAGTGRFLGAAADALRIPLGELGQVSLKSEKPVRISTTCTVFAEAEVLSWLGKGKKVEDILWGVHQSIAARAIGLLRRVGIASEITFTGGVAKNVGMIKALEEKLGMKLNVSDDSHFMGALGAALFALSSLQAGEKSATQEA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 8 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2276

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	146.520 Å
晶胞边长 b length_b	203.160 Å
晶胞边长 c length_c	235.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.660 Å
R 因子 r_factor	0.1756
R_work r_work	0.1743
R_free r_free	0.2008

fit	/app/data/saxs_computation/ga/9gai/9gai.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/9gai/9gai.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/9gai/9gai.dat

3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)