9gb1

Extended phiCD508 tail

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 269.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gb1
沉积日期 deposition_date	2024-07-29
结构标题 title	Extended phiCD508 tail
关键词 keywords	Bacteriophage, virus, needle, baseplate; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	76.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.58 Å
零角强度 I(0) i0	18503100000.00
分子量 molecular_weight	1186800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1496500 Å³
包络体积 envelope_volume	2574700 Å³
水化壳体积 shell_volume	265540 Å³
包络直径 envelope_diameter	240.4 Å
壳层 Rg shell_rg	87.28 Å
包络 Rg envelope_rg	72.85 Å
形状 Rg shape_rg	75.58 Å
总 Rg total_rg	75.73 Å
总原子数 total_atoms	167148
残基数 n_residues	10620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	269.0 Å
Rg (实空间) rg_real	77.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8340e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4240e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18570000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9097
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	94.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	0.016
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0570
最高正则化参数 α highest_alpha	12500000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.739; Stabil: 0.933; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	gp56 - Tail tube protein
分子量 formula_weight	15572.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X,e,f,g,h,i,j,q,r,s,t,u,v
原子数 atom_count	167148

MYNDDYIEEASFLNGSDVVILIDGVEELYMEEIKADFEQDEQSIKLLGCQNEISRVGTTKGSFSLNGYKTDSKFAKLGFRSFEIIYNLSNSETLGYESIRLKNCRLKKLPLINSKAGEIVKIEVEGSFRGYDLLNEL

Entity 2 polymer

描述 description	gp55 - Tail sheath protein
分子量 formula_weight	53016.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,a,b,c,d,k,l,m,n,o,p,w,x,y,z,1,2

MATGTWNEKERKEIPGFYNRFKTQAEKSTNTGLKGRLAMPIRANWGDVGKVVTIKNDLRQLKNLFGDDMNYSAFKLGKLALLGNVKELLLYRLVDGNQKKGTLTLKDTTENSAKDVIKLETKYPTARNFNVTIKSNLVDSDKKDFIFFENTKQLFSSSIKGTIDEIVLEINSNLDNEYVIATKVADSDTILANVVNQALEGGNDGCTSITNESYLKALEEFERYSFDSFVLDGVADEALQETTKAWVAKNKELGKDILLFLGGKTEDNIKQINDKSKSFNDENIVNVGSSAYYENIKYTPSEVAVYIAALSVSKGITGSICNAKTIFEEVEPRLSQSEVKECLKSGTLVLDFDDGDVIIVDDVNTFKKYVDDKNEAMGYISNIMFINTINKDTSLKRKEFVGKIFNDATGQTTVICALKKYFEELMSQGIISEFNVDIDTELQATAKADEFYWKWDAVKVDVMKKIYGTGYLG

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157557

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gb1/9gb1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gb1/9gb1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gb1/9gb1.dat

Extended phiCD508 tail

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)