9gba

3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ) + AMPPNP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 336.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gba
沉积日期 deposition_date	2024-07-30
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ) + AMPPNP
关键词 keywords	anaerobic aromate degradation, Fe/S clusters, ATP, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	133.50 Å
零角强度 I(0) i0	1283590000.00
分子量 molecular_weight	301890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	375440 Å³
包络体积 envelope_volume	794000 Å³
水化壳体积 shell_volume	49127 Å³
包络直径 envelope_diameter	352.7 Å
壳层 Rg shell_rg	147.90 Å
包络 Rg envelope_rg	117.20 Å
形状 Rg shape_rg	133.50 Å
总 Rg total_rg	133.50 Å
总原子数 total_atoms	21100
残基数 n_residues	2695
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	336.9 Å
Rg (实空间) rg_real	133.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	88.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1109000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5560
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.094
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.821
角度范围 angular_range	— – 0.0550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1071
最高正则化参数 α highest_alpha	16730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	12
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.751; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase beta subunit MbdO
分子量 formula_weight	49839.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	21237

MTLATQMTGEGKVLVGRGVYDGARLFRDWFDSLTEVAKRGEGAAYCFIAGNVIEVLRTFDIPATFPEINSLQTAFRNVSRDYINNAEDYGYSPDICGYVKIGVALQRRNGEHPMGKIPKPKIGMINNYCNTFIKWGEIWERTYNCPTINLDYPMTRSAGEKPKRGTQKFEYEKAYLKGQIEEAISVCERITGKKFDIDKFRQILAFSNDVNAGLKRVLELNRNKPAVFNAVTDGNIYMGVANALRGTEVASKYFKDLVEELEYRVVHGIGALDKGTEGTVPMKQSFRLALVGTPCYPIYRQFNEMFSRWGGIFVYSSYLDFASTGALTGYQYDLNDPIDSYAEGQLIMHASGSDSVFHESDNLKKLAPELGLDGVVFHPVKSCRTVSTGQADMRRIVANEMGLPTLFIESDLVDPDVVAEAPMRNRVDAFFEGLISRRQQQAASA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase gamma subunit MbdN
分子量 formula_weight	44111.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MAKKYFTGWEGKPLEQIFDLCRELVEDPAYPTVKAWRADGGRVIGHFQVYFPEEIAHAAGLLPVRICGAQTDGNESESHFGSYLCSIIKTSLDIALTKNIELDLFVTHPICDAARNLAPIWGRNFDYKCQILYLPQNPNSKHSKSYLANEYRRLLGDIESVAGRKITEQELRASVNLYNHSRRLMRDLYVIRKNQPWLLGADESMALVGLAGILPRSEFVELLEAVIPMILDRQASRQDKMRVVLEGGFCETPPFDLLQTITRSCYVVDDDVFIGLRFIVEDVVDSGDALADLADAYIDHSSYSPVQHDQRKPKEHMLLERVRNADAETVILASAKMCEPGLEEQVAYSKALEEAKIPYFISEFEENQNTFDQLAIQLETFVENIMFD

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase delta subunit MbdP
分子量 formula_weight	29350.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MVYTIGVDIGSTYIKGLVLDEDSNIVAHHMRPTGADLQGAAELVVNETAEQAKINKGDLAYCITTGYGRYQYSGRDLQVTDLTATARGAVFLFPETRTVLDIGGQTMKASRLDGFHKVRTFRLNDKCASGTGMFLEKTVRYMGYDTAGIDGLLNSAKEAASISGVCTVFAESEVINHLSNSVPPEDIMYGAGMSLTKRSVQLLKRINVESQITLVGGIMRWGVMAKAIRDELNLGANVASGDMPQFTAALGCAILGHLRLKKLRGSGGDRRAA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 polymer

描述 description	3-methylbenzoyl-CoA reductase alpha subunit MbdQ
分子量 formula_weight	28376.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MKYTGGVDVGSTQTKAVILNEHQEIVGRALIFTGADVIQAAHSAFEQALASAKLKRSHVGYVIGTGYGRYKVTFGDRQVTEISCHGRGASHMFPGTQTVIDMGGQDTKAIRVAPNGEITDFCMNDKCAAGTGRFLGAAADALRIPLGELGQVSLKSEKPVRISTTCTVFAEAEVLSWLGKGKKVEDILWGVHQSIAARAIGLLRRVGIASEITFTGGVAKNVGMIKALEEKLGMKLNVSDDSHFMGALGAALFALSSLQAGEKSATQEA

来源 Source

来源生物 organism	Thauera chlorobenzoica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	96773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	148.410 Å
晶胞边长 b length_b	243.180 Å
晶胞边长 c length_c	164.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	46.220 Å
R 因子 r_factor	0.2057
R_work r_work	0.2039
R_free r_free	0.2385

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gba/9gba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gba/9gba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gba/9gba.dat

3-methylbenzoyl-CoA reductase from Thauera chlorobenzoica (MbdONPQ) + AMPPNP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)