9gbb

Ferric-mycobactin receptor (FemA) in complex with Bis-AA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gbb
沉积日期 deposition_date	2024-07-30
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Ferric-mycobactin receptor (FemA) in complex with Bis-AA
关键词 keywords	TonB-dependent transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.61 Å
零角强度 I(0) i0	677953000.00
分子量 molecular_weight	138700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132630 Å³
包络体积 envelope_volume	239460 Å³
水化壳体积 shell_volume	53670 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.55 Å
包络 Rg envelope_rg	36.25 Å
形状 Rg shape_rg	36.62 Å
总 Rg total_rg	36.91 Å
总原子数 total_atoms	10502
残基数 n_residues	1340
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	677900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8825
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	106200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.844

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferric-mycobactin receptor, FemA
分子量 formula_weight	84048.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	10863

GAMTPALLAAEAPAASSARSYDIAPGPLGRTLSAFASDNGVSLAFDPALTEGRRSAALRGRYAPVEALHRLLLGSGLELQQRSDGSYTLVPAATDGALELQSSLITAQAAGAETLPAEYAGGQVARGARLGMLGNADVMDAPFSITSYTARTIEQQQARSVADLLQANDPSVRVVGGRGDLVDSYTIRGFSVQNADVAFNGLYGLLPFWRVPIEFAERVEVLKGPNALLGGISPGGSVGGTINLVPKRADDQPLTRVSVDWTQRGQLGTHLDIGRRFGENNAFGVRFNGVYRNGDTAVDHQSREFPMLSLGLDFRGERLRLSSDLLYQKESLEGVVRPLLTGPGTTHIPHAPDSKTRFGLRDSYLDQEDYSMVNRGEYDLADNLTAFASIGGRQSNYETIAANSILVGNQGDIVNSLARQRGDRRTYSAEVGLRGNFDTGPLRHDWTLSANRLHERLGMVYAFTGMQSGNLYQTSPHTPLPDFSSLDGSIPKTNETDLGGVALADRLSFLEDRVQVTLGVRRQQIESRNYDQTSGARTSHDKRHVWTPMASVLVKPLQDLSLYANYIQGLSQGEAAPMTAANAGQVLAPYKAEQYEIGAKYDLGGFTTTLALFEIRKPNAYTDASNVFRADGEQRNRGVELSLYGEPLDGVRVMAGATYIKPEQNKTGDPASEGKDAPGVARRQANLGVSWDTPFVDGLTLDSRWIYTGSAYVDSANALAVPHWNRVDLGAAYAFQVAGKPLVARANLENALGKDYWTAANGYLSISSPRTLSLSLTADF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;~{N}-[(~{E},5~{S})-6-[2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethylamino]-5-[[2-(2-hydroxyphenyl)-1,3-thiazol-4-yl]carbonylamino]-6-oxidanylidene-hex-2-enyl]-2-(2-hydroxyphenyl)-1,3-thiazole-4-carboxamide ;
分子量 formula_weight	680.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	361

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.120 Å
晶胞边长 b length_b	86.732 Å
晶胞边长 c length_c	88.498 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.96 °
晶胞夹角 β angle_beta	61.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.22 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	46.650 Å
R 因子 r_factor	0.2172
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2798

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gbb/9gbb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gbb/9gbb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gbb/9gbb.dat