9gcx

Crystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibitor F8

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gcx
沉积日期 deposition_date	2024-08-03
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	Crystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibitor F8
关键词 keywords	mitochondrial electron transport chain, antimalarial, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.81 Å
零角强度 I(0) i0	1546820000.00
分子量 molecular_weight	220150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214610 Å³
包络体积 envelope_volume	413030 Å³
水化壳体积 shell_volume	72250 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.50 Å
包络 Rg envelope_rg	48.66 Å
形状 Rg shape_rg	48.76 Å
总 Rg total_rg	48.93 Å
总原子数 total_atoms	16679
残基数 n_residues	2027
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1546000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6161
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.438
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.555
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.231

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	52796.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16707

MAASAVCRAAGAGTRVLLRTRRSPALLRSSDLRGTATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYESEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGNALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDTSMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYLSRHYKAPRMVLAAAGGLEHRQLLDLAQKHFSGLSGTYDEDAVPTLSPCRFTGSQICHREDGLPLAHVAIAVEGPGWAHPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGAHLSSPLASIAATNKLCQSFQTFNICYADTGLLGAHFVCDHMSIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVLRGKNLLRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDARVVREVCSKYFYDQCPAVAGFGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48203.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLLTRAGSLSRFYSLKVAPKVKATEAPAGVPPHPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYENSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRENMAYTVECLRDDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVAALQPQLRIDKAVALQNPQAHVIENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPVELHDYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNIRGGLGLSGAKAKYHGGEIREQNGDSLVHAALVAESAAIGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHQPFDVSAFNASYSDSGLFGFYTISQAASAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNPDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALAAGSYTPPSTVLQQIDAVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFIDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42620.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTNIRKSHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYYGSYTFLETWNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISSDVDKIPFHPYYTIKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALAFSILILALIPLLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMPTAGTIENKLLKW

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	35343.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAAAAATLRGAMVGPRGAGLPGARARGLLCGARPGQLPLRTPQAVSLSSKSGLSRGRKVILSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSASDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEDEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	29586.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

MLSVAARSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQAAVPATSESPVLDLKRSVLCRESLRGQAAGRPLVASVSLNVPASVRYSHTDIKVPDFSDYRRPEVLDSTKSSKESSEARKGFSYLVTATTTVGVAYAAKNVVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPSYEFTSDDMVIVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13501.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAGRPAVSASSRWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIHENDDVKEAIRRLPENLYNDRVFRIKRALDLSMRQQILPKEQWTKYEEDKSYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9737.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGRQFGHLTRVRHVITYSLSPFEQRAFPHYFSKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVAFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDR

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	12346.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PKARDPLGPPFPLEFAGSGELVPHTLPQSSSGDLGQEEEEEEELVDPLTTVREQCEQLEKCVKARERLELCDERVSSRSQTEEDCTEELLDFLHARDHCVAHKLFNSLK

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9
分子量 formula_weight	7469.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MVAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIVVGALFFERAFDQGADAIYEHINEGKLWKHIKHKYENKE

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	6527.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLTRFLGPRYRQLARNWVPTASLWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKDD

Entity 11 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE
分子量 formula_weight	661.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

Entity 12 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	2-methyl-3-(4-(4-(trifluoromethoxy)phenoxy)phenyl)-1,5,7,8-tetrahydro-4H-pyrano[4,3-b]pyridin-4-one
分子量 formula_weight	417.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	(7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	759.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	210.082 Å
晶胞边长 b length_b	210.082 Å
晶胞边长 c length_c	344.844 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.522 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2407

fit	/app/data/saxs_computation/gc/9gcx/9gcx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/9gcx/9gcx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/9gcx/9gcx.dat

Crystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibitor F8

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)