9gd4

Crystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Saccharomyces cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gd4
沉积日期 deposition_date	2024-08-04
结构标题 title	Crystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	septins, complex, guanine nucleotide binding protein, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.33 Å
零角强度 I(0) i0	247920000.00
分子量 molecular_weight	129730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162510 Å³
包络体积 envelope_volume	213820 Å³
水化壳体积 shell_volume	42159 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.23 Å
包络 Rg envelope_rg	48.98 Å
形状 Rg shape_rg	48.35 Å
总 Rg total_rg	48.04 Å
总原子数 total_atoms	18037
残基数 n_residues	1137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.8 Å
Rg (实空间) rg_real	48.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	247600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6450
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.645
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.206; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.234; Smooth: 0.529

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell division control protein 10
分子量 formula_weight	34658.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18652

MADLNWMGFQFNIMVVGQSGLGKSTLINTLFASHLIDSATGDDISALPVTKTTEMKISTHTLVEDRVRLNINVIDTPGFGDFIDNSKAWEPIVKYIKEQHSQYLRKELTAQRERFITDTRVHAILYFLQPNGKELSRLDVEALKRLTEIANVIPVIGKSDTLTLDERTEFRELIQNEFEKYNFKIYPYDSEELTDEELELNRSVRSIIPFAVVGSENEIEINGETFRGRKTRWSAINVEDINQCDFVYLREFLIRTHLQDLIETTSYIHYEGFRARQLIALKENANSRSSAHMSSNAIQR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cell division control protein 3
分子量 formula_weight	38564.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLQVLPDQPEIKFIRRQINGYVGFANLPKQWHRRSIKNGFSFNLLCVGPDGIGKTTLMKTLFNNDDIEANLVKDYEEELANDQEEEEGQGEGHENQSQEQRHKVKIKSYESVIEENGVKLNLNVIDTEGFGDFLNNDQKSWDPIIKEIDSRFDQYLDAENKINRHSINDKRIHACLYFIEPTGHYLKPLDLKFMQSVYEKCNLIPVIAKSDILTDEEILSFKKTIMNQLIQSNIELFKPPIYSNDDAENSHLSERLFSSLPYAVIGSNDIVENYSGNQVRGRSYPWGVIEVDNDNHSDFNLLKNLLIKQFMEELKERTSKILYENYRSSKLA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Cell division control protein 12
分子量 formula_weight	37554.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSQDPNSMSAATATAAPVPPPVGISNLPNQRYKIVNEEGGTFTVMLCGESGLGKTTFINTLFQTVLKRADGQQHRQEPIRKTVEIDITRALLEEKHFELRVNVIDTPGFGDNVNNNKAWQPLVDFIDDQHDSYMRQEQQPYRTKKFDLRVHAVLYFIRPTGHGLKPIDIETMKRLSTRANLIPVIAKADTLTAQELQQFKSRIRQVIEAQEIRIFTPPLDADSKEDAKSGSNPDSAAVEHARQLIEAMPFAIVGSEKKFDNGQGTQVVARKYPWGLVEIENDSHCDFRKLRALLLRTYLLDLISTTQEMHYETYRRLRLEG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Seventh homolog of septin 1
分子量 formula_weight	36420.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGITYTMLLCGPAGTGKTAFANNLLETKIFPHKYQYGKSNASISSNPEVKVIAPTKVVSFNSKNGIPSYVSEFDPMRANLEPGITITSTSLELGGNKDQGKPEMNEDDTVFFNLIMTHGIGENLDDSLCSEEVMSYLEQQFDIVLAEETRIKRNPRFEDTRVHVALYFIEPTGHGLREVDVELMKSISKYTNVLPIITRADSFTKEELTQFRKNIMFDVERYNVPIYKFEVDPEDDDLESMEENQALASLQPFAIITSDTRDSEGRYVREYPWGIISIDDDKISDLKVLKNVLFGSHLQEFKDTTQNLLYENYRSEKLSS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	586

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.205 Å
晶胞边长 b length_b	47.845 Å
晶胞边长 c length_c	148.885 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.039 Å
最低分辨率 resolution_low	23.490 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2161
R_free r_free	0.2535

fit	/app/data/saxs_computation/gd/9gd4/9gd4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gd/9gd4/9gd4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gd/9gd4/9gd4.dat

Crystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Saccharomyces cerevisiae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)