9gex

Escherichia coli NrdR with unocuppied outer nucleotide-binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gex
沉积日期 deposition_date	2024-08-07
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Escherichia coli NrdR with unocuppied outer nucleotide-binding site
关键词 keywords	RNR transcriptional repressor, Zinc finger domain, ATP cone domain, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.15 Å
零角强度 I(0) i0	81996400.00
分子量 molecular_weight	67721.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83399 Å³
包络体积 envelope_volume	114280 Å³
水化壳体积 shell_volume	32453 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.33 Å
包络 Rg envelope_rg	32.54 Å
形状 Rg shape_rg	32.18 Å
总 Rg total_rg	32.32 Å
总原子数 total_atoms	4701
残基数 n_residues	576
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.686
峰度 Kurtosis kurtosis	0.280
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6648000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.530; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.966

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional repressor NrdR
分子量 formula_weight	17401.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4893

GSMHCPFCFAVDTKVIDSRLVGEGSSVRRRRQCLVCNERFTTFEVAELVMPRVVKSNDVREPFNEEKLRSGMLRALEKRPVSSDDVEMAINHIKSQLRATGEREVPSKMIGNLVMEQLKKLDKVAYIRFASVYRSFEDIKEFGEEIARLED

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	51.289 Å
晶胞边长 b length_b	256.274 Å
晶胞边长 c length_c	133.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	92.420 Å
R 因子 r_factor	0.1995
R_work r_work	0.1974
R_free r_free	0.2394

fit	/app/data/saxs_computation/ge/9gex/9gex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/9gex/9gex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/9gex/9gex.dat