9gf3

CC-Hept-hen2 variant peptide with Hendecad repeat substitution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gf3
沉积日期 deposition_date	2024-08-08
结构标题 title	CC-Hept-hen2 variant peptide with Hendecad repeat substitution
关键词 keywords	Hendecad Repeat, Coiled-Coil, De novo Design, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.13 Å
零角强度 I(0) i0	34902800.00
分子量 molecular_weight	51072.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66308 Å³
包络体积 envelope_volume	81171 Å³
水化壳体积 shell_volume	24583 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.66 Å
包络 Rg envelope_rg	32.39 Å
形状 Rg shape_rg	32.16 Å
总 Rg total_rg	32.14 Å
总原子数 total_atoms	3590
残基数 n_residues	476
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6432
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.663
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.199; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.256; Smooth: 0.551

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CC-Hept-hen2
分子量 formula_weight	3519.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,A,B
原子数 atom_count	4046

XGEIAQALKEIAKAAAAALKEIAWALKEIAQALKGX

Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	399

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.267 Å
晶胞边长 b length_b	61.754 Å
晶胞边长 c length_c	154.441 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	57.410 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1767
R_free r_free	0.1996

fit	/app/data/saxs_computation/gf/9gf3/9gf3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/9gf3/9gf3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/9gf3/9gf3.dat

CC-Hept-hen2 variant peptide with Hendecad repeat substitution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)