9gfr

Crystal structure of anti-collagen type II antibody Fab (PC12) complexed with collagen triple helical peptide (THP59)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 186.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gfr
沉积日期 deposition_date	2024-08-12
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Crystal structure of anti-collagen type II antibody Fab (PC12) complexed with collagen triple helical peptide (THP59)
关键词 keywords	anti-collagen type II antibody, rheumatoid arthritis, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.85 Å
零角强度 I(0) i0	80197700.00
分子量 molecular_weight	70734.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87861 Å³
包络体积 envelope_volume	135050 Å³
水化壳体积 shell_volume	29507 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.48 Å
包络 Rg envelope_rg	50.59 Å
形状 Rg shape_rg	48.90 Å
总 Rg total_rg	48.11 Å
总原子数 total_atoms	4986
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.3 Å
Rg (实空间) rg_real	47.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6243
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.783
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3958000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.041; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.019; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	the light chain of anti-collagen type II antibody Fab (PC12)
分子量 formula_weight	23521.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	5347

NIVMTQSPKSMSMSVGERVTLSCKASENVGTYVSWYQQKPEQSPKLLIYGASNRYTGVPDRFTGSGSATDFTLTISSVQAEDLADYHCGQSYSYPFTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNC

Entity 2 polymer

描述 description	the heavy chain of anti-collagen type II antibody Fab (PC12)
分子量 formula_weight	23152.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGTVLARPGASVKMSCKTSGYTFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGAIYPGNSDTSYNQKFKGKAKLTAVTSASTAYMELSSLTNEDSAVYYCTSGPLADYYAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTSGCLVKGYFPEAVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLAA

Entity 3 polymer

描述 description	Recombinant collagen triple helical peptide (THP59) covalently linked to foldon trimerization domain
分子量 formula_weight	8091.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G

HMGPPGPPGPPGPPGPPGASGDRGPPGPVGPPGLTGPAGEPGPPGPPGPPGPPGPPGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	343

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.555 Å
晶胞边长 b length_b	69.845 Å
晶胞边长 c length_c	240.356 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	45.750 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2471

fit	/app/data/saxs_computation/gf/9gfr/9gfr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/9gfr/9gfr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/9gfr/9gfr.dat

Crystal structure of anti-collagen type II antibody Fab (PC12) complexed with collagen triple helical peptide (THP59)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)