9gj0

Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant B1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gj0
沉积日期 deposition_date	2024-08-20
结构标题 title	Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant B1
关键词 keywords	Mutant, vanillyl alcohol oxidase, ether cleavage, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.98 Å
零角强度 I(0) i0	467493000.00
分子量 molecular_weight	175470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	218810 Å³
包络体积 envelope_volume	267680 Å³
水化壳体积 shell_volume	58732 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.74 Å
包络 Rg envelope_rg	37.91 Å
形状 Rg shape_rg	37.98 Å
总 Rg total_rg	38.30 Å
总原子数 total_atoms	12362
残基数 n_residues	1559
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	467500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6051
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.432
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	142400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 0.992; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable vanillyl-alcohol oxidase
分子量 formula_weight	61750.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.38
突变 mutation	S81H, R378Q, D283H, E378D, S394V, A423M, Q425G, I427T, H434Y, I445D, S518P, +GKLGPEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12362

MTRTLPPGVSDERFDAALQRFRDVVGDKWVLSTADELEAFRDPYPVGAAEANLPSAVVSPESTEQVQDIVRIANEYGIPLHPVSTGKNNGYGGAAPRLSGSVIVKTGERMNRILEVNEKYGYALLEPGVTYFDLYEYLQSHDSGLMLDCPDLGWGSVVGNTLDRGVGYTPYGDHFMWQTGLEVVLPQGEVMRTGMGALPGSDAWQLFPYGFGPFPDGMFTQSNLGIVTKMGIALMQRPPASQSFLITFDKEEDLEQIVDIMLPLRINMAPLQNVPVLQNIFMHAAAVSKRTEWFDGDGPMPAEAIERMKKDLDLGFWNFYGTLYGPPPLIEMYYGMIKEAFGKIPGARFFTHEERDDRGGHVLQDRHKINNGIPSLDDLQLLDWVPNGGHIGFVPVSAPDGREAMKQFEMVRNRANEYNKDYMAGFTIGLREMYHVCLFIYDTADPEAREEILQMTKVLVREAAEAGYGEYRTHNALMDDVMATFNWGDGALLKFHEKIKDALDPNGIIAPGKSGIWPQRFRGQNLGKLGPEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus jostii RHA1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	101510
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.770 Å
晶胞边长 b length_b	109.770 Å
晶胞边长 c length_c	244.985 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	95.060 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2656

fit	/app/data/saxs_computation/gj/9gj0/9gj0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/9gj0/9gj0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/9gj0/9gj0.dat

Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant B1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)