9gke

ERAP1 in complex with 1-[2-(2-oxo-5-phenyl-2,3-dihydro-1,3-benzothiazol-3-yl)acetamido]cyclohexane-1-carboxylic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gke
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	ERAP1 in complex with 1-[2-(2-oxo-5-phenyl-2,3-dihydro-1,3-benzothiazol-3-yl)acetamido]cyclohexane-1-carboxylic acid
关键词 keywords	ERAP1, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.10 Å
零角强度 I(0) i0	289797000.00
分子量 molecular_weight	92252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89887 Å³
包络体积 envelope_volume	148090 Å³
水化壳体积 shell_volume	42472 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.69 Å
包络 Rg envelope_rg	28.32 Å
形状 Rg shape_rg	28.12 Å
总 Rg total_rg	28.61 Å
总原子数 total_atoms	6992
残基数 n_residues	857
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	289800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8858
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.239
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
分子量 formula_weight	105371.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7937

MVFLPLKWSLATMSFLLSSLLALLTVSTPSWCQSTEASPKRSDGTPFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHAQLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRATLRKGAGERLSEEPLQVLEHPRQEQIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGQLSETFHGFYKSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRREPRHLAISNMPLVKSVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYALDAAVTLLEFYEDYFSIPYPLPKQDLAAIPDFQSGAMENWGLTTYRESALLFDAEKSSASSKLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWWNDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGKCFDAMEVDALQSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLREYLSADAFKSGIVQYLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIGSGGVDVKTMMNTWTLQRGFPLITITVRGRNVHMKQEHYMKGSDGAPDTGYLWHVPLTFITSKSDMVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSNDRASLINNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEVETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDEGSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWKESNGQLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKSQIEFALCRTQNKEKLQWLLDESFKGDKIKTQEFPQILTLIGRNPVGYPLAWQFLRKNWNKLVQKFELGSSSIAHMVMGTTNQFSTRTRLEEVKGFFSSLKENGSQLRCVQQTIETIEENIGWMDKNFDKIRVWLQSEKLERMENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-[2-(2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-benzothiazol-3-yl)ethanoylamino]cyclohexane-1-carboxylic acid
分子量 formula_weight	410.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	744

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.789 Å
晶胞边长 b length_b	140.420 Å
晶胞边长 c length_c	57.695 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.367 Å
最低分辨率 resolution_low	87.940 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2073

fit	/app/data/saxs_computation/gk/9gke/9gke.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/9gke/9gke.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/9gke/9gke.dat