9gle

Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations A91T:T93S

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gle
沉积日期 deposition_date	2024-08-27
最后修订 last_revision	2024-09-18
结构标题 title	Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations A91T:T93S
关键词 keywords	Crystal Epitopes, Jumonji domain, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.66 Å
零角强度 I(0) i0	97248400.00
分子量 molecular_weight	78820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98593 Å³
包络体积 envelope_volume	121710 Å³
水化壳体积 shell_volume	33790 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.89 Å
包络 Rg envelope_rg	30.64 Å
形状 Rg shape_rg	30.56 Å
总 Rg total_rg	31.53 Å
总原子数 total_atoms	10602
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	97250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8778
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.363
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.641
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 4A
分子量 formula_weight	41870.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.66,1.14.11.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11239

SMASESETLNPSARIMTFYPTMEEFRNFSRYIAYIESQGAHRAGLAKVVPPKEWKPRASYDDIDDLVIPAPIQQLVTGQSGLFTQYNIQKKTMSVREFRKIANSDKYCTPRYSEFEELERKYWKNLTFNPPIYGADVNGTLYEKHVDEWNIGRLRTILDLVEKESGITIEGVNTPYLYFGMWKTSFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYSVPPEHGKRLERLAKGFFPGSAQSCEAFLRHKMTLISPLMLKKYGIPFDKVTQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATRRWIEYGKQAVLCSCRKDMVKISMDVFVRKFQPERYKLWKAGKDNTVIDHTLPTPEAAEFLKESEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	446

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.700 Å
晶胞边长 b length_b	90.780 Å
晶胞边长 c length_c	90.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	40.449 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1854
R_free r_free	0.2223

fit	/app/data/saxs_computation/gl/9gle/9gle.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/9gle/9gle.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/9gle/9gle.dat