9gnw

Universal PSII assembly intermediate

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 131.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gnw
沉积日期 deposition_date	2024-09-04
结构标题 title	Universal PSII assembly intermediate
关键词 keywords	Green alga, PSII, D.salina, membrane protein, Cryo-EM, PHOTOSYNTHESIS, assembly intermediate, water-ferricyanide oxidoreductase.; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.37 Å
零角强度 I(0) i0	1202360000.00
分子量 molecular_weight	340850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	446760 Å³
包络体积 envelope_volume	509080 Å³
水化壳体积 shell_volume	94894 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.59 Å
包络 Rg envelope_rg	41.57 Å
形状 Rg shape_rg	41.37 Å
总 Rg total_rg	41.86 Å
总原子数 total_atoms	24193
残基数 n_residues	2618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1203000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8932
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	157000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.900

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (40)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	37291.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24204

ENTSLWARFCEWITSTENRLYIGWFGVIMIPTLLTAISVYIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLVVCHFFLGVCCYMGREWELSYRLGMRPWIAVAYSAPVAAATAVFIIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMFGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANAGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAVWPVVCIWLTALGISTMAFNLNGFNFNQSVVDSNGRVLNTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLA

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	53321.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLPWYRVHTVVINDPGRLISVHLMHTALVAGWAGAMTLFEIAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFLTRLGVTQSWGGWTISGETSSNPGIWSYEGAAASHIVLSGLLFLASVWHWVYWDLELFRDPRTGKTALDLPKIFGIHLFLAGLLCFGFGAFHVTGVFGPGIWVSDPYGLTGSVQPVAPSWGAEGFDPYNPGGVPAHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPSIRLYFGLSMGSIESVLSSSIAAVFWAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGFFQQEIQKRVAQSTSEGLSVSEAWAKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGAMNSGDGIAVGWLGHASFKDQEGRELFVRRMPTFFETFPVVLIDKDGVVRADVPFRKAESKYSIEQVGVSVTFYGGELNGLTFTDPSTVKKYARKAQLGEIFEFDRSTLQSDGVFRSSPRGWFTFGHLSFALLFFFGHIWHGSRTIFRDVFAGIDED

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	3349.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MSLTLILQLVALFAVVAAGPLVVVLLSVRGGNL

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	49129.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GRDQETTGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHIATLGYGVGPGGEVLDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPETLEESYPFFGYVWKDKNKMTNILGYHLIILGCGAWLLVLKALYFGGVYDTWAPGGGDVRIISNPTTNAAIIFGYIVKSPFGGDGWIVSVDNLEDIIGGHIWIGTLCILGGIWHIYTTPWPWARRAFVWSGEAYLSYSLAAVSLMGFTACCFAWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQAQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWVEPLRGPSGLDLVKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNFVSPRSWLATSHFCLGFFFFVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRVDEPVLSMRPLD

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	38965.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IGTYQEKRTWFDDADDWLRQDRFVFVGWSGLLLLPCAYFAVGGWLTGCTFVTSWYTHGLASSYIEGCNFLTAAVSTPANSLGHSLLFVWGPEAQGDLTRWFQLGGLWAFVALHGAFGLIGFMLRQFEIARSVNLRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVASIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHEKLTLPEEVLPRGNAL

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	8743.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ERPFSDILTSIRYWVIHSITVPSLFIAGWLFVSTGLAYDVFGSPRPNEYFTEDRQDAPLITDRFNALEQVKKLSAQ

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	3549.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

IFTVRWLAIHAIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7124.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EPGIVTPLGTLLRPLNSEAGKVLPGWGTTVLMAVAILLFAVFLLIILEIYNSSLILDGVTNSWESLA

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	3743.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLTLKIFVYTVVTFFVGLFIFGFLSNDPSRNPG

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3725.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

TGRIPLWLVGTVVGLLAIGLLAIFFYGSYVGLGSSL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4160.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KLPEAYAPFSPIVDVLPIIPVLFILLAFVWQASVSFR

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4214.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

RPNPNKQVVELNRSSLYWGLLLIFVLAVLFSSYIFN

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3320.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

VNILGLIATALFIIIPTSFLLILYVKTAASE

Entity 14 polymer

描述 description	PsbO
分子量 formula_weight	25874.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

LTYDELQGLTYLQVKGTGIANTCPVVEQGTSNVRELKPGDYKLEKFCMEPTSFTVKEEDAKGREEFVKTKLLTRLTYGLDGMNGSMKINNDGSVEFREDEGLDYAATTVKLPGGEYVPFLFTIKEFDGKGTLDSFSGDFLVPSYRGSTFLDPKGRGGATGYDNAIALPAKADADEIQRLNNKSYTPGKGSAVFSVAKVDTETGEIAGVFESIQPSDTEMGAHPAKDIKITGLWYGQLT

Entity 15 polymer

描述 description	PsbP
分子量 formula_weight	20553.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

AYGEGANVFGRVTNKSGFVPYAGDSFALLLPSKWNPSDQKEVESIVLRYEDNFDAVNNLYVVEDKSDKSSIEAYGTPEEFISQFGYLLGKQAWAGQTVSEGGFDANRVSNAALLGVATEKDKKGKTYYKFEILTRTADGNEGGRHQLVKATVSNGKLYLLKVQAGDKRWFKGTDKECLGVLDSFTVV

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3478.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MEALVYTFLLIGTLGIIFFSIFFREPPRIA

Entity 17 polymer

描述 description	PSII 6.1 kDa protein
分子量 formula_weight	4755.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

LVDDRMNGDGTGLPFGVNDGILGWVIAGTLGTIWAIYFVSQKDLG

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II PsbX
分子量 formula_weight	3202.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

SVTPSLKNFLLSLVAGAVVLAAIAGAVTAVSNF

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6430.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTSILQIALLGLVLVSFALVVGVPVVFASPNGWTENKGVVFSGLSVWFLLVFAVGVFNSFA

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein U, PsbU
分子量 formula_weight	3377.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

RVRTVLDMDRKDPAKEETVKELRKDINN

Entity 21 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 22 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 25 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 26 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 29 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 30 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 31 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 32 non-polymer

描述 description	;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 33 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 34 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 35 non-polymer

描述 description	DIACYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 37 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 38 non-polymer

描述 description	(3R)-beta,beta-caroten-3-ol
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 39 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 40 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	118340

fit	/app/data/saxs_computation/gn/9gnw/9gnw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/9gnw/9gnw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/9gnw/9gnw.dat

Universal PSII assembly intermediate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (40)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer

Entity 40 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)