9goz

4-Allyl syringol oxidase from Streptomyces cavernae: complex with eugenol

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9goz
沉积日期 deposition_date	2024-09-06
结构标题 title	4-Allyl syringol oxidase from Streptomyces cavernae: complex with eugenol
关键词 keywords	FAD, flavin, oxygen, biocatalysis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.09 Å
零角强度 I(0) i0	220986000.00
分子量 molecular_weight	117920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146950 Å³
包络体积 envelope_volume	166200 Å³
水化壳体积 shell_volume	45680 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.09 Å
包络 Rg envelope_rg	29.33 Å
形状 Rg shape_rg	29.12 Å
总 Rg total_rg	29.72 Å
总原子数 total_atoms	8301
残基数 n_residues	1048
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8927
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	85600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	4-allyl syringol oxidase from Streptomyces cavernae
分子量 formula_weight	60997.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9692

MTRTLPPGVSDEDFTSALTAFRDVVGDEFVRTDEAELARFHDPYPVGDADAHLASAVISPRDTEQVQEVVRIANRYGIPLSVISTGRNNGYGGSAPRLSGAVVVNTGERMNRILEVDEKLGYALLEPGVTYFDLHEYLEAHAPSLMIDCPDLGWGSVVGNALDRGAGYTPYGDHFMWQTGMEVVLPQGDVMRTGMGALPGSTTWQLIPYGFGPYPDGMFTQSNLGIVTKMGIALMQKPPASMTYQITFENESDLEQIVDIMLPLRINMAPLQNVPVLRNIILDAAVVSQRADWYDGDGPLPPEAIERMKKELGLGYWNFYGTLYGPPQLIEMNYGIIKDAFGQIPGSRFQTHEERHDRGAHVLQDRHKINNGIPSLSEMKLMDWIPGAGHVGFSPISPPVGRDAMKQFRMVRSRADEYAKDYAAQFVVGLREMHHIALLLFDTQDATARNETLALTRLLIDEAAAEGYGEYRTHNALMDQVMGTYNWGDGALLKFHEAIKDALDPNGIIAPGKSGVWPARYRGKGLAAALKLRVDPAANKARKEAELAAATAEQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces cavernae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2259034
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE
分子量 formula_weight	162.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1377

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.259 Å
晶胞边长 b length_b	83.259 Å
晶胞边长 c length_c	297.519 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	40.860 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/go/9goz/9goz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/go/9goz/9goz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/go/9goz/9goz.dat