9gqv

;Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-((1-((2-hydroxy-4-methylpentanamido)methyl)cyclobutyl)methyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gqv
沉积日期 deposition_date	2024-09-09
最后修订 last_revision	2025-05-07
结构标题 title	;Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-((1-((2-hydroxy-4-methylpentanamido)methyl)cyclobutyl)methyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide ;
关键词 keywords	inhibitor, protein-ligand complex, FabF, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.68 Å
零角强度 I(0) i0	130477000.00
分子量 molecular_weight	87913.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108760 Å³
包络体积 envelope_volume	133790 Å³
水化壳体积 shell_volume	35350 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.34 Å
包络 Rg envelope_rg	31.44 Å
形状 Rg shape_rg	31.68 Å
总 Rg total_rg	32.23 Å
总原子数 total_atoms	12222
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.335
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
分子量 formula_weight	43996.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.179
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12781

GHMASMSRRRVVITGMGMLSPLGLDVPSSWEGILAGRSGIAPIEHMDLSAYSTRFGGSVKGFNVEEYLSAKEARKLDLFIQYGLAASFQAVRDSGLEVTDANRERIGVSMGSGIGGLTNIENNCRSLFEQGPRRISPFFVPGSIINMVSGFLSIHLGLQGPNYALTTAATTGTHSIGMAARNIAYGEADVMVAGGSEMAACGLGLGGFGAARALSTRNDEPTRASRPWDRDRDGFVLSDGSGALVLEELEHARARGARIYAELVGFGMSGDAFHMTAPPEDGAGAARCMKNALRDAGLDPRQVDYINAHGTSTPAGDIAEIAAVKSVFGEHAHALSMSSTKSMTGHLLGAAGAVEAIFSVLALRDQVAPPTINLDNPDEGCDLDLVAHEAKPRKIDVALSNSFGFGGTNGTLVFRRFAD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-[[1-[[[(2~{S})-4-methyl-2-oxidanyl-pentanoyl]amino]methyl]cyclobutyl]methyl]-1~{H}-pyrazole-3-carboxamide
分子量 formula_weight	322.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	345

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.679 Å
晶胞边长 b length_b	103.811 Å
晶胞边长 c length_c	143.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.766 Å
最低分辨率 resolution_low	51.905 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1818
R_free r_free	0.2222

fit	/app/data/saxs_computation/gq/9gqv/9gqv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gq/9gqv/9gqv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gq/9gqv/9gqv.dat