SAXSdb — 9gqx

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gqx
沉积日期 deposition_date	2024-09-10
结构标题 title	influenza neuraminidase mSN1
关键词 keywords	influenza neuraminidase recombinant expression, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.86 Å
零角强度 I(0) i0	142812000.00
分子量 molecular_weight	91647.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112840 Å³
包络体积 envelope_volume	137310 Å³
水化壳体积 shell_volume	37001 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.35 Å
包络 Rg envelope_rg	32.71 Å
形状 Rg shape_rg	31.78 Å
总 Rg total_rg	32.51 Å
总原子数 total_atoms	6423
残基数 n_residues	822
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	142800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6833
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.8730
最高正则化参数 α highest_alpha	21360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.984; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Neuraminidase
分子量 formula_weight	55639.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7042

MNTQILVFALIAIIPTNADKISAWSHPQFEKGGGGSHHHHHHSSSGSGAHIVMVDAYKPTKGGSGGGGSIINETADDIVYRLTVIIDDRYESLKNLITLRADRLEMIINDNVSTILAGGSGTGSVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNGIRIGSKGDVFVIREPFISCSHLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTVKDRSPYRTLMSCPVGEAPSPYNSRFESVAWSASACHDGISWLTIGISGPDNGAVAVVKYNGIITDTIKSWRNNILRTQESECACVNGSCFTVMTDGPSNGQASYKIFKIEKGKVVKSVELNAPNYHYEECSCYPDAGDIMCVCRDNWHGSNRPWVSFNQNLEYQIGYICSGVFGDNPRPNDGTGSCSPMSSNGAYGVKGFSFKYGNGVWIGRTKSTSSRSGFEMIWDPNGWTETDSSFSVKQDIVEITDWSGYSGSFVQHPEMTGLDCMRPCFWVELIRGRPKENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK

来源 Source

来源生物 organism	unidentified influenza virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11309
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	619

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	92.165 Å
晶胞边长 b length_b	92.165 Å
晶胞边长 c length_c	147.903 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	92.170 Å
R 因子 r_factor	0.2114
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2382

fit	/app/data/saxs_computation/gq/9gqx/9gqx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gq/9gqx/9gqx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gq/9gqx/9gqx.dat

influenza neuraminidase mSN1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction