9grh

Crystal structure of the C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 (apo)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9grh
沉积日期 deposition_date	2024-09-11
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 (apo)
关键词 keywords	;Inositol pyrophosphate, inositol pyrophosphate phosphatase, histidine acid phosphatase, phytase, enzyme mechanism, GAF domain, phosphate homeostasis, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.31 Å
零角强度 I(0) i0	688542000.00
分子量 molecular_weight	223240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282800 Å³
包络体积 envelope_volume	379530 Å³
水化壳体积 shell_volume	73588 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.45 Å
包络 Rg envelope_rg	41.59 Å
形状 Rg shape_rg	42.31 Å
总 Rg total_rg	42.63 Å
总原子数 total_atoms	31731
残基数 n_residues	1923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.5 Å
Rg (实空间) rg_real	42.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	688600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8799
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.293
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.865

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
分子量 formula_weight	65788.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	31731

GAKWVFKGLAIIIRHADRTPKQKFKHSFTSPIFISLLKGHKEEVVIRNVNDLKIVLQALRIALDEKAGNPAKIKVLANALEKKLNFPGTKIQLKPVLNKENEVEKVQFILKWGGEPTHSAKYQATELGEQMRQDFDLLNKSILQNIKIFSSSERRVLHTAQYWTRALFGADELGSDEISIRKDLLDDSNAAKDLMDKVKKKLKPLLREGKEAPPQFAWPSKMPEPYLVIKRVVELMNYHKKIMDNNFAKKDVNSMQTRWCTSEDPSLFKERWDKLFKEFNNAEKVDPSKISELYDTMKYDALHNRQFLENIFDPGLPNEAIADELGSHSLVDRYPINVLAKNNFKIIDSHSMNNSGKNSSNSVGSLGWVLESGKTSTARNPKSSSQFDEPRFMQLRELYKLAKVLFDFICPKEYGISDAEKLDIGLLTSLPLAKQILNDIGDMKNRETPACVAYFTKESHIYTLLNIIYESGIPMRIARNALPELDYLSQITFELYESTDASGQKSHSIRLKMSPGCHTQDPLDVQLDDRHYISCIPKISLTKHLDMDYVQQKLRNKFTRVIMPPKFTPVNITS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.473 Å
晶胞边长 b length_b	194.857 Å
晶胞边长 c length_c	84.441 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.710 Å
R 因子 r_factor	0.2249
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/gr/9grh/9grh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gr/9grh/9grh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gr/9grh/9grh.dat

Crystal structure of the C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 (apo)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)