9gro

;Crystal structure of the engineered C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 in complex with 1,5-InsP8 (phosphatase dead mutant, loop deletion residues 848-918) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gro
沉积日期 deposition_date	2024-09-11
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	;Crystal structure of the engineered C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 in complex with 1,5-InsP8 (phosphatase dead mutant, loop deletion residues 848-918) ;
关键词 keywords	;Inositol pyrophosphate, inositol pyrophosphate phosphatase, histidine acid phosphatase, phytase, enzyme mechanism, GAF domain, phosphate homeostasis, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.85 Å
零角强度 I(0) i0	195778000.00
分子量 molecular_weight	114440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144330 Å³
包络体积 envelope_volume	181920 Å³
水化壳体积 shell_volume	44467 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.68 Å
包络 Rg envelope_rg	33.79 Å
形状 Rg shape_rg	33.82 Å
总 Rg total_rg	34.43 Å
总原子数 total_atoms	16216
残基数 n_residues	959
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	195800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9011
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.569
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.920

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
分子量 formula_weight	58346.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	16377

GAKWVFKGLAIIIAAADATPKQKFKHSFTSPIFISLLKGHKEEVVIRNVNDLKIVLQALRIALDEKAGNPAKIKVLANALEKKLNFPGTKIQLKPVLNKENEVEKVQFILKWGGEPTHSAKYQATELGEQMRQDFDLLNKSILQNIKIFSSSERRVLHTAQYWTRALFGADELGSDEISIRKDLLDDSNAAKDLMDKVKKKLKPLLREGKEAPPQFAWPSKMPEPYLVIKRVVELMNYHKKIMDNNFAKKDVNSMQTRWCTSEDPSLFKERWDKLFKEFNNAEKVDPSKISELYDTMKYDALHNRQFLENIFDPGSSGQFDEPRFMQLRELYKLAKVLFDFICPKEYGISDAEKLDIGLLTSLPLAKQILNDIGDMKNRETPACVAYFTKESHIYTLLNIIYESGIPMRIARNALPELDYLSQITFELYESTDASGQKSHSIRLKMSPGCHTQDPLDVQLDDRHYISCIPKISLTKHLDMDYVQQKLRNKFTRVIMPPKFTPVNITS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	L-ornithine
分子量 formula_weight	132.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-DIAMINOBUTANE
分子量 formula_weight	88.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 7 non-polymer

描述 description	(1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]
分子量 formula_weight	820.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	(2S)-hexane-1,2,6-triol
分子量 formula_weight	134.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	51

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.586 Å
晶胞边长 b length_b	114.586 Å
晶胞边长 c length_c	172.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	49.680 Å
R 因子 r_factor	0.2302
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2746

fit	/app/data/saxs_computation/gr/9gro/9gro.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gr/9gro/9gro.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gr/9gro/9gro.dat