9gs0

Capsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head protein gp31.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 198.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gs0
沉积日期 deposition_date	2024-09-13
结构标题 title	Capsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head protein gp31.
关键词 keywords	Archaeal virus, turret, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.63 Å
零角强度 I(0) i0	2577760000.00
分子量 molecular_weight	396470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	482980 Å³
包络体积 envelope_volume	679560 Å³
水化壳体积 shell_volume	98648 Å³
包络直径 envelope_diameter	229.5 Å
壳层 Rg shell_rg	57.96 Å
包络 Rg envelope_rg	59.09 Å
形状 Rg shape_rg	57.63 Å
总 Rg total_rg	57.66 Å
总原子数 total_atoms	27880
残基数 n_residues	3708
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2576000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8657
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.187
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	151200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.732

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HK97 gp5-like major capsid protein
分子量 formula_weight	43544.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG
原子数 atom_count	27880

MLMEAALPGSDVSAREVAKVWPGAKKGDYSFLQGNQSRSLEAEMTRTARAEAGTDRHRALKDYAVDADNLPKTLSAGSKHLTEDGDVIEARLDDAIPRMLFAASDPEYVDTLFREQLLEVVMEGRELRKVAREASNVINANTRVGDVPIASDEEFARPTGQGAEIRDDGETYTTVAWNATKLTEGSRVTDEMRDQAMVDLIERNIQRVGASLENGINRVFLTELVDNAQNNHDTAGSNQGYQALNSAVGEVDKDDFRPDTYVTHPDYRTQLFNDTNLAYANRAGTNEVLRNREDAPIVGDIAGLDMHAAMSSATYDDGTDIGWSGGSETWGFSSDGDKGAVVYDRDNIHTILYAPNGQDVEIKDYEDPIRDITGVNGRLHVDCQYSQGRSSATVQY

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid stabilization protein
分子量 formula_weight	13888.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO

MATETQGEHTFPVEVLISGEELRGYTAGEALSAGEPVYLSGDYEVSASSADGGEFLGVNLYDVASGEPVALAGDDCEVRVEVSEQVTANDEILPDGLGTFETVATSAASAGVAIVQEGAASGEVCEAYIFAVQGTTA

Entity 3 polymer

描述 description	Gp30
分子量 formula_weight	11926.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	As,At,Au,Av,Aw,Ax

MTDTIVNVQGSFFSASASGVADTESLLIDPQDAKFGAIEIHNIAHGGSVDVELLTSSDDTELVEDAAVTLDSFTGEGISQGNQIEASDNTNTYIRITNTSGGAIDIIATGREVSQ

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2512500

fit	/app/data/saxs_computation/gs/9gs0/9gs0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gs/9gs0/9gs0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gs/9gs0/9gs0.dat

Capsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head protein gp31.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)