SAXSdb — 9gs9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gs9
沉积日期 deposition_date	2024-09-13
结构标题 title	Tn7016 PseCAST QCascade
关键词 keywords	CRISPR, transposon, genome, RNA; RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.67 Å
零角强度 I(0) i0	3155570000.00
分子量 molecular_weight	451700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	555610 Å³
包络体积 envelope_volume	849370 Å³
水化壳体积 shell_volume	118820 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.2 Å
壳层 Rg shell_rg	64.70 Å
包络 Rg envelope_rg	55.29 Å
形状 Rg shape_rg	57.66 Å
总 Rg total_rg	57.87 Å
总原子数 total_atoms	31710
残基数 n_residues	3833
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3158000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.072
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.597
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	218900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.618

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	19501.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	31710

CUGAAAAUACAGUGGGGCCACUAGGGACAGGAUUGGUGACGUGACCUGCCGUAUAGGCAG

Entity 2 polymer

描述 description	T-DNA
分子量 formula_weight	22801.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

TTTTGGCCGTCAAGGCGAAGGTCACCAATCCTGTCCCTAGTGGCCCCACTGTGGCGGTCCAATGGCTTGATGAA

Entity 3 polymer

描述 description	NT-DNA
分子量 formula_weight	3296.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

AACCGCCAAAC

Entity 4 polymer

描述 description	Cas8
分子量 formula_weight	79290.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MHLKELLEITDTTERDRSLRRAFSPYTAMIDITGSEAVALIILLNLTYRKNQVDDLLDKKLAKQALKSEDHINKCIKEIAWFHTHNLKYPDIRVSKQNLAVEPPTLHSYVLSSANYPKAYGWSHNSAKVNFAKLFVSYFKWQNQVSWLAQVLATNSDNWKSAFTSLGLSVKAFKSLCVTVKNSLPEEAIPDSVDRYSRQIRMPYHDGYLAVTPVISHVVQSKIQQAAIDKRARFSNVEFTRPAAVSMLAASLGGVINVLNYPPYIRSKYHGLSNSRAFKLNNGQTVFNVEALLKPELIKALEGIIFSNNALALKQRRQQKVKNIKELRNTLLEWFSPVFEWRLDAIENGYDLEQLESASERLEYKILSLPDNELPSLTIPLFRLLNEMLGGVSMTQRYAFHPKLMSPLKAALQWLLVNLTDQKHVLIEEDDEHYRYLHLSGIRVFDAQALSNPYCSGIPSLTAVWGMIHSYQRKLNEALGTNVRFTSFSWFIRNYSAVAGKKLPELSLQGAQQSRLKRPGIIDGKYCDLVFDLIIHIDGYEDDLQAVDSKPDILKAHFPSNFAGGVMHQPELNSNINWCCLYSNENQLFEKLRRLPLSGCWVMPTEHKIQDLDELLLLLNSDSKLSPSMMGYMLLTEPMARVGSLERLHCYAEPAIGVVKYEAATSVRLKGIGNYFNSAFWMLDAQEKFMLMKKV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoalteromonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Cas7.1
分子量 formula_weight	39845.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G

MELCNILKYDRSLYPGKAVFFYKTADSDFVPLEADINKIRGPKSGFTEAFTPQFSPKNISPQDLTHNNILTLEECYVPPNVEHIFCRFSLRVQANSLVPSGCSDPEVFSLLKELAETFKECGGYKELAVRYCRNILIGTWLWRNQNTGNTQIEIKTSKGSCYLIDNTRKLAWESKWASDDLKVLEELSNEIESALTDPNVFWSADITAKIEASFCQEIYPSQILNDKVKQGEASKQFVKAKCADGRYAVSFNSVKIGAALQSIDDWWDEDASKRLRVHEFGADKEIGVARRPPDSEQNFYSIFKNTEWYLSALKNCITNKNEKIDPAIYYLFSVLIKGGMFQKKAEAKKA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoalteromonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Cas6
分子量 formula_weight	23341.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MQRYYFTVHFLPKQANLALLTGRCISIMHGFILKHNIEGMGVTFPAWSDSSIGNEIAFVYTDKEILNTLKDQAYFVDMQDCGFFKVSQVLAVPDSCEEVRFIRNQAVAKIFTGESRRRLKRLQKRALARGEDFNPKKIEAPREIDIFHRVAMTSKSSQEDYILHIQKQDVDCQAEPYFSNYGLASNEKFKGTVPDLSPSIDRN

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoalteromonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53246
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	TniQ.1
分子量 formula_weight	49832.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MGHHHHHHHHHHGGSENLYFQSGMAFLFSPKARAFSDESLESYLLRVVSENFFDSYEGLSLAIREELHELDFEAHGAFPVDLKRLNVYHAKHNSHFRMRALGLLETLLDLPRYELQKLALLKSDIKFNSSVALYNNGVDIPLRFIRHHAEEAVDSIPVCSQCLAEEAYIKQSWHIKWVNACTKHQCALLHNCPECYAPINYIENESITHCSCGFELSCASTSPVNTLSIEHLNKLLDKGERNDSNPLFNNMTLTERFAALLWYQERYSQTDNFCLNDAVNYFSKWPAVFNTELDELSKNAEMKLIDLFNKTEFKFIFGDAILACPSTQKQSESHFIYRALLDYLVTLVESNPKTKKPNAADLLVSVLEAATLLGTSVEQVYRLYQNGILQTAFRHKMNQRINPYKGAFFLRHVIEYKTSFGNDKARMYLSAW

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoalteromonas agarivorans S816
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1307437
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	2.600 Å
R 因子 r_factor	0.2614
R_work r_work	0.2614
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	150000

fit	/app/data/saxs_computation/gs/9gs9/9gs9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gs/9gs9/9gs9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gs/9gs9/9gs9.dat

Tn7016 PseCAST QCascade

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)