9gtq

NavMs F208L Apo

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gtq
沉积日期 deposition_date	2024-09-18
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	NavMs F208L Apo
关键词 keywords	Volatge-Gated Sodium Channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.97 Å
零角强度 I(0) i0	11630100.00
分子量 molecular_weight	28957.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37667 Å³
包络体积 envelope_volume	51426 Å³
水化壳体积 shell_volume	17335 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.45 Å
包络 Rg envelope_rg	26.52 Å
形状 Rg shape_rg	26.99 Å
总 Rg total_rg	27.53 Å
总原子数 total_atoms	2039
残基数 n_residues	251
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6697
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.691
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	692300.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.774; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Ion transport protein
分子量 formula_weight	31128.7 kDa
突变 mutation	F208L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2099

SHMSRKIRDLIESKRFQNVITAIIVLNGAVLGLLTDTTLSASSQNLLERVDQLCLTIFIVEISLKIYAYGVRGFFRSGWNLFDFVIVAIALMPAQGSLSVLRTFRIFRVMRLVSVIPTMRRVVQGMLLALPGVGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTLTVLNLFIGIIVDAMAITKEQEEEAKTGHHQEPISQTLLHLGDRLDRIEKQLAQNNELLQRQQPQKK

来源 Source

来源生物 organism	Magnetococcus marinus MC-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	156889
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	HEGA-10
分子量 formula_weight	379.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.927 Å
晶胞边长 b length_b	108.927 Å
晶胞边长 c length_c	209.374 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.946 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2169
R_free r_free	0.2442

fit	/app/data/saxs_computation/gt/9gtq/9gtq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/9gtq/9gtq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/9gtq/9gtq.dat

NavMs F208L Apo

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction