9gv3

Crystal structure of the complex between Nb474 mutant R53A,D125A and Trypanosoma congolense fructose-1,6-bisphosphate aldolase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 174.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gv3
沉积日期 deposition_date	2024-09-21
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Crystal structure of the complex between Nb474 mutant R53A,D125A and Trypanosoma congolense fructose-1,6-bisphosphate aldolase
关键词 keywords	COMPLEX, NANOBODY, ALDOLASE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.34 Å
零角强度 I(0) i0	742176000.00
分子量 molecular_weight	217450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	269400 Å³
包络体积 envelope_volume	339880 Å³
水化壳体积 shell_volume	65819 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.85 Å
包络 Rg envelope_rg	47.19 Å
形状 Rg shape_rg	46.36 Å
总 Rg total_rg	46.26 Å
总原子数 total_atoms	15265
残基数 n_residues	1987
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	741900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8415
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.492
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.028
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	68100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.699; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fructose-bisphosphate aldolase
分子量 formula_weight	42708.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16673

MSRRVEVLLTQLPAYNRLKTPYEEELIETAKKMTAPGKGLLAADESTGSCSKRFAGIGLSNTAEHRRQYRALMLECAGFEQYISGVILHDETVYQRASTGETFPQLLRRRGVVPGIKTDCGLEPLVEGADGEQMTAGLDGYVKRAKKYYAVGCRFCKWRNVYKIQNGTVSEAVVRFNAETLARYAVLSQLCGLVPIVEPEVMIDGTHDIETCQRVSQHVWAEVVSALHRHGVVWEGCLLKPNMVVPGAESGQTATAEQVAEYTVKTLARVLPPALPGVTFLSGGLSEVMASEYLNAMNNSPLPRPWKLTFSYARALQSSAIKAWGGKSSGVAAGRRAFMHRAKMNSLAQLGRYNRGDDDKDSQSLYVAGNTYENLYFQSGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma congolense IL3000
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1068625
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nb474 mutant R53A,D125A
分子量 formula_weight	15670.0 kDa
突变 mutation	R53A,D125A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASETALTYYAIGWFRQAPGKEREGVSCISAINSGSGARTDYADSVKGRFTISRDDAKNTVTLQMNSLEPEDTARYYCALDTTDRYDSANGRYYCTISSDTYAYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1343

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	203.495 Å
晶胞边长 b length_b	111.166 Å
晶胞边长 c length_c	123.244 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.751 Å
最低分辨率 resolution_low	97.558 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1598
R_free r_free	0.1882

fit	/app/data/saxs_computation/gv/9gv3/9gv3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/9gv3/9gv3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/9gv3/9gv3.dat

Crystal structure of the complex between Nb474 mutant R53A,D125A and Trypanosoma congolense fructose-1,6-bisphosphate aldolase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)