SAXSdb — 9gv6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gv6
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
结构标题 title	Structure of TCR in complex with peptide-HLA
关键词 keywords	TCR, HLA, MHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.50 Å
零角强度 I(0) i0	539011000.00
分子量 molecular_weight	186310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	230690 Å³
包络体积 envelope_volume	330450 Å³
水化壳体积 shell_volume	60429 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.91 Å
包络 Rg envelope_rg	48.45 Å
形状 Rg shape_rg	48.49 Å
总 Rg total_rg	48.53 Å
总原子数 total_atoms	13154
残基数 n_residues	1630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.1 Å
Rg (实空间) rg_real	48.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	538700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8445
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.528
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.147
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.903; Smooth: 0.697

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31951.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	13165

GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Peptide
分子量 formula_weight	1129.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

SLSNRLYYL

Entity 4 polymer

描述 description	TCR alpha
分子量 formula_weight	21873.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHNHIAANDFITWYQQFPSQGPRFFIQGYKTNVSNEVASLFIPADRKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLAWGGTDMLIFGTGTRLQVFPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	TCR Beta
分子量 formula_weight	27929.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

MEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHGTLYWYQQILGQGPKLLIQFHNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLDWVGDGERQYFGPGTRLLVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQDPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.120 Å
晶胞边长 b length_b	93.530 Å
晶胞边长 c length_c	388.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.770 Å
最低分辨率 resolution_low	90.940 Å
R 因子 r_factor	0.2198
R_work r_work	0.2171
R_free r_free	0.2736

fit	/app/data/saxs_computation/gv/9gv6/9gv6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/9gv6/9gv6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/9gv6/9gv6.dat

Structure of TCR in complex with peptide-HLA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)