SAXSdb — 9gwz

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gwz
沉积日期 deposition_date	2024-09-27
最后修订 last_revision	2024-10-23
结构标题 title	Crystal structure of 23ME-00610 Fab
关键词 keywords	23ME-00610, human CD200R1, immune checkpoint inhibitor, immuno-oncology, ANTITUMOR PROTEIN; ANTITUMOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.88 Å
零角强度 I(0) i0	540985000.00
分子量 molecular_weight	187140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232720 Å³
包络体积 envelope_volume	328190 Å³
水化壳体积 shell_volume	64661 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.98 Å
包络 Rg envelope_rg	41.91 Å
形状 Rg shape_rg	42.86 Å
总 Rg total_rg	43.13 Å
总原子数 total_atoms	13152
残基数 n_residues	1731
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.7 Å
Rg (实空间) rg_real	43.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	541000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8912
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.801

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	23ME-00610 Fab (heavy)
分子量 formula_weight	24980.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HHH,AAA,CCC,EEE
原子数 atom_count	14124

EVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGFSLTNYAVSWVRQPPGKGLEWLGVMWAGGGTNYNSVFKSRLTISKDNSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCARERPLTGVMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	23ME-00610 Fab (light)
分子量 formula_weight	23887.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LLL,BBB,DDD,FFF

DIVLTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDYSGNSFMHWFQQKPGQPPKLLIYRASNLESGIPDRFSGSGSRTDFTLTISSLQAEDVAVYYCHQSNEDPPTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	749

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	225.274 Å
晶胞边长 b length_b	67.447 Å
晶胞边长 c length_c	136.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	67.106 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2562

fit	/app/data/saxs_computation/gw/9gwz/9gwz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gw/9gwz/9gwz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gw/9gwz/9gwz.dat

Crystal structure of 23ME-00610 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)