9gz5

X-ray structure of Leptospira interrogans Histone deacetylase 11 (HDAC11) in complex with cis-5-dodecenoic acid.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gz5
沉积日期 deposition_date	2024-10-03
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	X-ray structure of Leptospira interrogans Histone deacetylase 11 (HDAC11) in complex with cis-5-dodecenoic acid.
关键词 keywords	Histone deacetylase 11, Leptospira interrogans, class IV HDAC, zinc binding group, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.88 Å
零角强度 I(0) i0	37688900.00
分子量 molecular_weight	32717.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32136 Å³
包络体积 envelope_volume	48802 Å³
水化壳体积 shell_volume	21655 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.30 Å
包络 Rg envelope_rg	18.36 Å
形状 Rg shape_rg	17.86 Å
总 Rg total_rg	18.68 Å
总原子数 total_atoms	2486
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7532
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.374; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.978

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase
分子量 formula_weight	35072.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2705

GGGMEKHLERIGLVYHPDYNLDLGPHVFPARKYQMVYDLVKRDSKLSNLYIYKPDLAKTKDLSLVHTQEFLDDFFSLNITERTQYSELPLTKQIVHSFVLAVGGTILSMELAQKYKFVYHIGGGFHHSMPDRAEGFCYLNDAAIASKLYQKEYPDKKILFIDLDLHQGNGNSFIFQNDPDVFTFSMHQENLYPKKEKSDLDISLEEGIGDKEYLELLEKSLRKIESDFKPDLIFYIAGADPFEGDSLGDLKLTFQGLRKRDQIVRDFAYSLNDTRVVILPAGGYAKDFYDTVTIHYNTIKIFAAD

来源 Source

来源生物 organism	Leptospira interrogans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	173
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	cis-5-dodecenoic acid
分子量 formula_weight	198.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.265 Å
晶胞边长 b length_b	61.744 Å
晶胞边长 c length_c	49.481 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.1744
R_work r_work	0.1729
R_free r_free	0.2007

fit	/app/data/saxs_computation/gz/9gz5/9gz5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/9gz5/9gz5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/9gz5/9gz5.dat