SAXSdb — 9gzq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gzq
沉积日期 deposition_date	2024-10-04
结构标题 title	Structure of ForCE lacking the Helical Membrane Plug-in (HMP; DUF1641)
关键词 keywords	Formate dehydrogenase, DUF1641, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.02 Å
零角强度 I(0) i0	258226000.00
分子量 molecular_weight	124260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153320 Å³
包络体积 envelope_volume	201190 Å³
水化壳体积 shell_volume	48400 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.50 Å
包络 Rg envelope_rg	37.47 Å
形状 Rg shape_rg	34.08 Å
总 Rg total_rg	34.27 Å
总原子数 total_atoms	8632
残基数 n_residues	1084
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	258200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7548
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.694
峰度 Kurtosis kurtosis	0.573
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.424; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.570; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable oxidoreductase YjgC
分子量 formula_weight	111836.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8632

HHHHHHSSGENLYFQGMAGKKTITINGVEMEASEEQTVLQLLNNSSIEVPQVCYHPSLGPIETCDTCIVSINGELKRSCSAELKDGDVIDTLSPDVKKAQVIGMDKILYNHELYCTVCDYNNGGCEIHNTVKEMKINHQSIPFDHKPYHKDESHPFYRYDPDQCILCGRCVEACQDVQVTETLTIDWERKRPRVIWDNDVPINESSCVSCGHCSTVCPCNAMMEKGMEGEAGYLTGINNETLRPMIEITKGVETGYGSILAISDMESAMRDERIKKTKTVCTYCGVGCSFDVWTKGRDILKVEPQEEAPANGISTCVKGKFGWDFVNSEERLTKPLIREGDHFREAEWEEALLLIASKFTELKEAFGPDSLAFITSSKCTNEESYLMQKLARGVIGTNNVDNCSRYCQSPATAGLFRTVGYGGDSGSITDIAQADLVLIIGSNTSESHPVLSTRIKRAHKLRGQKVIVADIRKHEMAERSDLFVQPRAGSDIVWLNAIAKYLIENGKADERFLRERVNGRDEYVKSLAPYTLEYAEEKTGIDQETLIQMAEMIGQADSVCALWAMGVTQHIGGSDTSTAISNLLLVTGNYGKPGAGSYPLRGHNNVQGASDFGSMPDRLPGYEKVTDEQVRQKYERVWGVPLPKEPGMTNHEMIEKIHSGQLKAMYVKGEEMGLVDSNINHVHAAYEKLDFFVVQDIFLSRTAEFADVVLPASPSLEKEGTFTNTERRIQRLYQVFEPLGESKPDWQIIMEVANKLGAGWLYEHPADIMEEAAKLSPIYAGVTYERLEGYNSLQWPVNADGKDSPLLFTERFPFPDGKAILYPVQWTEPKEFGEEYDIHVNNGRLLEHFHEGNLTYKSKGISEKTPEVFLEISPELAAERGIQDGTLVRLTSPFGNVKVKCLITDRVKGKEVYLPMNDSGEAAINLLTGSHADKDTDTPAYKETSAKMEILKHDGISPLPKINHRNGNPQPQIGVQVHKKWARKDYIFPGDAVKRGMGHNG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ForE1
分子量 formula_weight	21308.7 kDa
突变 mutation	G111Stop
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAKAIKRIQKIEVTEEDQRKRDLREIEDALIDHKEAILETLHMLGHMNERGVLPLLRGLFGQGDKVLDILVKKADTEETANTLKNLLLLFGTLGMLDVKQLEPLILKVNAGVASAVEQKNSEEKTGYFDIIRSLKDPEINKSITLLFSFLKGMGQDTKELERTTQPPEHQKHHQEPREKRGMNKRD

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(IV) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	215.909 Å
晶胞边长 b length_b	215.909 Å
晶胞边长 c length_c	215.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.626 Å
最低分辨率 resolution_low	44.060 Å
R 因子 r_factor	0.2821
R_work r_work	0.2800
R_free r_free	0.3195

fit	/app/data/saxs_computation/gz/9gzq/9gzq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/9gzq/9gzq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/9gzq/9gzq.dat

Structure of ForCE lacking the Helical Membrane Plug-in (HMP; DUF1641)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)