9h1u

Cryo-EM structure of Heterooligomeric Bacterioferritin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h1u
沉积日期 deposition_date	2024-10-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of Heterooligomeric Bacterioferritin
关键词 keywords	Heterooligomer, Iron-storage protein, Heme binding, Octahedral, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.70 Å
零角强度 I(0) i0	2472960000.00
分子量 molecular_weight	413950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	517280 Å³
包络体积 envelope_volume	838300 Å³
水化壳体积 shell_volume	135240 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.7 Å
壳层 Rg shell_rg	60.89 Å
包络 Rg envelope_rg	45.70 Å
形状 Rg shape_rg	50.67 Å
总 Rg total_rg	51.16 Å
总原子数 total_atoms	29095
残基数 n_residues	3751
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2476000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8223
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	83.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8271000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacterioferritin
分子量 formula_weight	18214.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	29095

MKANRTVLAALNDVLRHQLTAINQYFLHARMMKNWGFNALGKHEYKESIEEMKAADKLIERILLLEGLPNLQDLGKLLIGENVPEMLKNDFAMEKDAHADLVKTIALCEKQADYVSRDLLSEFLEECEERMDFYETQLELVKKMGEQNYLQSAVGALE

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431944
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Bacterioferritin
分子量 formula_weight	15412.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

XXXXXXVXXXLNXXLXXXLTAXXQYFXHARMXXNWGFXXLXXXXXXEXXXEXXXAXXLIXRILXLEGXPXXXXXXXLXIGXXVPXMXXNDXAXEXXXXXXLXXXIALCEXXXDYXXRXXLXXXLEEXEXXXXXXLXVXXGXXDXLXXKNYLQSXAXXX

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431944
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 polymer

描述 description	Bacterioferritin
分子量 formula_weight	17881.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

PRGSPKVISVLNGLLTGELTAADQYFVHARMLENWGFKVLYERIEHERHDELDHAGLLINRILFLEGVPDVASRAALNIGSDVPKMMANDLAYELQVVDELKAAIALCESERDYDTRRILVHLLEETEQDHVRWLEVQVGLIDKLGLKNYLQSAAGEI

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431944
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	239662

fit	/app/data/saxs_computation/h1/9h1u/9h1u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h1/9h1u/9h1u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h1/9h1u/9h1u.dat

Cryo-EM structure of Heterooligomeric Bacterioferritin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)