9h22

Cryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 164.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9h22

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9h22
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9h22
沉积日期 deposition_date2024-10-10
结构标题 titleCryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
关键词 keywords;photosynthetic bacteria, photosynthesis, reaction cennter light harvesting complex, RC-LH1, RC-dLH, cryo-EM, Gemmatimonas groenlandica ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.18
零角强度 I(0) i04498710000.00
分子量 molecular_weight700710.0 kDa
排除体积 excluded_volume927190 ų
包络体积 envelope_volume1210900 ų
水化壳体积 shell_volume160490 ų
包络直径 envelope_diameter176.7
壳层 Rg shell_rg66.80
包络 Rg envelope_rg58.39
形状 Rg shape_rg59.20
总 Rg total_rg59.26
总原子数 total_atoms49778
残基数 n_residues4868
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax164.0
Rg (实空间) rg_real59.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real4.4990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4502000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8455
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary75.7
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha656500000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.996; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (20)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)