9h4e

trans-aconitate decarboxylase Tad1- wild type binding with glycerol

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h4e
沉积日期 deposition_date	2024-10-18
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	trans-aconitate decarboxylase Tad1- wild type binding with glycerol
关键词 keywords	trans-aconitate decarboxylase from ustilago maydis, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.96 Å
零角强度 I(0) i0	506107000.00
分子量 molecular_weight	180470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	224850 Å³
包络体积 envelope_volume	282150 Å³
水化壳体积 shell_volume	62879 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.96 Å
包络 Rg envelope_rg	36.40 Å
形状 Rg shape_rg	35.96 Å
总 Rg total_rg	36.43 Å
总原子数 total_atoms	12686
残基数 n_residues	1630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	506100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8917
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.265
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.376
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.889

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Trans-aconitate decarboxylase 1
分子量 formula_weight	54063.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.113
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C,D
原子数 atom_count	12733

MAPALNANPTTKRDELSAPSASHKLGMSSMASRAAGGGLKLTGLPDLSDSAGTLSDIFGTPQMREIWSDQNRVACYLEIEAALAIVQADLGIIPKNAAHEIVEHCRVQEIDWALYKQKTELIGYPVLGIVQQLVANCKDGLGEYCHWGATTQDITDTATVMQIRQSLTLVKQRLDSIVSSLEHLAEQHRNVPMAARSNLKQAVPITFGFKMARFLATFRRHQQRLVELEKRVYTLEFGGAAGNLSSLGDQGIATHDALAKMLDLAPAEIAWHTEHDRFAEVGTFLGLLTGTLAKLATDIKLMSQTEVGEVGEPFFSNRGSSSTMPQKNNPISCVYIHACAANVRQGAAALLDAMQSDHERGTGPWEIIWVQLPLMMNWTSAALNNADFVLRGLQVFPDAMQHNLDLSKGLIVSEAVMMGLGNTLGRQYAHDAVYECCRTAFVQDRPLLDVLLENHEIASKLDRTELEKLCDPANYLGQCSQWIDRVLSRPSSA

来源 Source

来源生物 organism	Mycosarcoma maydis
通用名 common_name	Corn smut fungus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5270
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	153.670 Å
晶胞边长 b length_b	160.830 Å
晶胞边长 c length_c	209.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	48.810 Å
R 因子 r_factor	0.2284
R_work r_work	0.2271
R_free r_free	0.2525

fit	/app/data/saxs_computation/h4/9h4e/9h4e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h4/9h4e/9h4e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h4/9h4e/9h4e.dat

trans-aconitate decarboxylase Tad1- wild type binding with glycerol

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction