9h4t

Crystal Structure of TorA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h4t
沉积日期 deposition_date	2024-10-21
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	Crystal Structure of TorA
关键词 keywords	Metal binding protein, molybdenum-containing cofactor, electron transfer; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.97 Å
零角强度 I(0) i0	533086000.00
分子量 molecular_weight	183790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	227740 Å³
包络体积 envelope_volume	281270 Å³
水化壳体积 shell_volume	60923 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.44 Å
包络 Rg envelope_rg	37.90 Å
形状 Rg shape_rg	37.96 Å
总 Rg total_rg	38.34 Å
总原子数 total_atoms	12929
残基数 n_residues	1585
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	533100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8813
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	161900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.863

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Trimethylamine-N-oxide reductase 1
分子量 formula_weight	94567.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14495

MNNNDLFQASRRRFLAQLGGLTVAGMLGPSLLTPRRATAAQAATDAVISKEGILTGSHWGAIRATVKDGRFVAAKPFELDKYPSKMIAGLPDHVHNAARIRYPMVRVDWLRKRHLSDTSQRGDNRFVRVSWDEALDMFYEELERVQKTHGPSALLTASGWQSTGMFHNASGMLAKAIALHGNSVGTGGDYSTGAAQVILPRVVGSMEVYEQQTSWPLVLQNSKTIVLWGSDLLKNQQANWWCPDHDVYEYYAQLKAKVAAGEIEVISIDPVVTSTHEYLGREHVKHIAVNPQTDVPLQLALAHTLYSENLYDKNFLANYCVGFEQFLPYLLGEKDGQPKDAAWAEKLTGIDAETIRGLARQMAANRTQIIAGWCVQRMQHGEQWAWMIVVLAAMLGQIGLPGGGFGFGWHYNGAGTPGRKGVILSGFSGSTSIPPVHDNSDYKGYSSTIPIARFIDAILEPGKVINWNGKSVKLPPLKMCIFAGTNPFHRHQQINRIIEGLRKLETVIAIDNQWTSTCRFADIVLPATTQFERNDLDQYGNHSNRGIIAMKQVVPPQFEARNDFDIFRELCRRFNREEAFTEGLDEMGWLKRIWQEGVQQGKGRGVHLPAFDDFWNNKEYVEFDHPQMFVRHQAFREDPDLEPLGTPSGLIEIYSKTIADMNYDDCQGHPMWFEKIERSHGGPGSQKYPLHLQSVHPDFRLHSQLCESETLRQQYTVAGKEPVFINPQDASARGIRNGDVVRVFNARGQVLAGAVVSDRYAPGVARIHEGAWYDPDKGGEPGALCKYGNPNVLTIDIGTSQLAQATSAHTTLVEIEKYNGTVEQVTAFNGPVEMVAQCEYVPASQVKS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	738.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1544

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.662 Å
晶胞边长 b length_b	117.467 Å
晶胞边长 c length_c	100.053 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	47.790 Å
R 因子 r_factor	0.2358
R_work r_work	0.2351
R_free r_free	0.2888

fit	/app/data/saxs_computation/h4/9h4t/9h4t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h4/9h4t/9h4t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h4/9h4t/9h4t.dat