SAXSdb — 9h5b

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h5b
沉积日期 deposition_date	2024-10-22
结构标题 title	Tail fibre of Haloferax tailed virus 1
关键词 keywords	Archaeal virus, tail, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	70.13 Å
零角强度 I(0) i0	319927000.00
分子量 molecular_weight	139200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169360 Å³
包络体积 envelope_volume	280510 Å³
水化壳体积 shell_volume	37312 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.4 Å
壳层 Rg shell_rg	54.25 Å
包络 Rg envelope_rg	66.68 Å
形状 Rg shape_rg	70.16 Å
总 Rg total_rg	69.71 Å
总原子数 total_atoms	9801
残基数 n_residues	1342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	190.3 Å
Rg (实空间) rg_real	69.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	317900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5547
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.347
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6123000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.067; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.009; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Tail fiber protein of Haloferax tailed virus 1 gp42
分子量 formula_weight	45959.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BG,BH,BI
原子数 atom_count	9801

MADTTIIDAVVFPQDDGTGVSNGDEDYDSAGYLASLARYAGDGSYVGGDSTGSPTLQFANIDTANEEVDIQPGHAFILESGHIVQSGSQKTYDTNLPDSVPYVVILPSSVTNVPLDTDVDNDVWLAVDPTSNDSVYIRSGNGLSAPSDPSVKLGTVNSSTGSTTRPNDLADHSVDALNATTIDASDTVTGDTVDATTTLTDAAGVSHTGELEDINHGSKHEDGGSDEISVGGLSGDLADPQDPKAHAASHSADSADEISVENLSTTGSADTVPISQGDGTLSMGSIVPTDLQWREDSNSPQTDTNVGTSTYTIADTFDEYLIRVQVFEESSAPGTVELRAEGNSQSSYDYISEDGTTTSAATSIPCIELQADSSTISVFGASGRFSGQWEFRSQPNTSTNLATAGFLAVISSPLGSLELFRAANNFSVTWEVFGRDIGPAGVP

Entity 2 polymer

描述 description	Baseplate hub
分子量 formula_weight	102541.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BE

MPQLGDSKLGESQLGSPGTLKQGVEWTVVVDGEEQNNVWDVQVVDTANPFGDYAVFKMDDRGGQAFEAYPRGTRVEAYVSEGTEPLDNRFTGYVVERRENEQQGADVLEVEAYSFDQFLRRNTVTNDQTGNTISQALADIIQTDTPVRFNAANITVGDDQELTRSYQGDPVENALRDFAFKSTNEDFGVGDDLEFFFQPRETVHIDRGVDNTQWFRYDIPELGKEAINEVEVWFDDGEESVIVDDGTDKLDLQDSLGLPSPGTQRKELQRPLVTDISDAEDIGRKYLAFRNSTLSGTVTTYGLYDAEPGDTIDITIDPRGIDEEFVIAAIEYRWGVDETILTVVEKRGDVDDILSELSESVQRIEMQGANRDAPKNRITTTNAAAIVSVDVDAGGTSADADRFVNDGRNAVRDAWTGAGNPDIANIVVGDDNSGLSRTNTTLGNQTDSVSVTESLPSAKVVEYSATLTQSGVEEIGLETSTGTLLTRATFETPVDLSSDTVTVTLTVSNDDSVSRGVMTNDGQTAVRDVLADNSPTLPTDYGYGDDSTAVAETDTTLGNELANTSLEEILIQSASSVSAWNTILGTLASTYPLVVSSSGIRPAQTAWTTESDNLAQSGTALVTVGDYSNGEAEGLDSPGDTLELSFTPEHDIPGEEFALWCRIETDLGGTDPGPEITVTLDIDGDTYSWVPIGTNTALGLNWYDLANNTFGGSSTYPDTDIPEGSTVTLSIEATSSSVSGQGHAVDVMAPLDALTRVTGGSDATSAYTFDNNNGGSGGYLDGPELYPDQLILSLETATTRRNVSEARFTLTANDTSGNFYVELANDGSTFNRVNNATSGSVTFASPDTNVDTNISLNRYGSRSTATPQTGFNAQEIDNWELYADIDAVLPDDIGVTLSRAIIPPNTSGIVGQTVREAGLKSGSTLLTRHILAEFLLDTDQRLASSESTRFTSDN

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	432.000 Å
R 因子 r_factor	0.4746
R_work r_work	0.4746
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	336454

fit	/app/data/saxs_computation/h5/9h5b/9h5b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h5/9h5b/9h5b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h5/9h5b/9h5b.dat

Tail fibre of Haloferax tailed virus 1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)