SAXSdb — 9h6k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h6k
沉积日期 deposition_date	2024-10-24
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Human B4GALNT1 in Complex with UDP-GalNac
关键词 keywords	Glycosyltransferase, CAZy GT12, Ganglioside Synthase, Glycosphingolipid Synthase, UDP-GalNac Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.11 Å
零角强度 I(0) i0	183006000.00
分子量 molecular_weight	106670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133210 Å³
包络体积 envelope_volume	167410 Å³
水化壳体积 shell_volume	45081 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.36 Å
包络 Rg envelope_rg	30.19 Å
形状 Rg shape_rg	30.11 Å
总 Rg total_rg	30.85 Å
总原子数 total_atoms	7516
残基数 n_residues	936
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1
分子量 formula_weight	55601.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7590

HHHHHHHHHHGTRRPELPDLAPEPRYAHIPVRIKEQVVGLLAWNNCSCESSGGGLPLPFQKQVRAIDLTKAFDPAELRAASATREQEFQAFLSRSQSPADQLLIAPANSPLQYPLQGVEVQPLRSILVPGLSLQAASGQEVYQVNLTASLGTWDVAGEVTGVTLTGEGQADLTLVSPGLDQLNRQLQLVTYSSRSYQTNTADTVRFSTEGHEAAFTIRIRHPPNPRLYPPGSLPQGAQYNISALVTIATKTFLRYDRLRALITSIRRFYPTVTVVIADDSDKPERVSGPYVEHYLMPFGKGWFAGRNLAVSQVTTKYVLWVDDDFVFTARTRLERLVDVLERTPLDLVGGAVREISGFATTYRQLLSVEPGAPGLGNCLRQRRGFHHELVGFPGCVVTDGVVNFFLARTDKVREVGFDPRLSRVAHLEFFLDGLGSLRVGSCSDVVVDHASKLKLPWTSRDAGAETYARYRYPGSLDESQMAKHRLLFFKHRLQCMTSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE
分子量 formula_weight	607.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.100 Å
晶胞边长 b length_b	134.922 Å
晶胞边长 c length_c	86.584 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	54.656 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2248

fit	/app/data/saxs_computation/h6/9h6k/9h6k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h6/9h6k/9h6k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h6/9h6k/9h6k.dat

Human B4GALNT1 in Complex with UDP-GalNac

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction