9h77

MPP8 chromodomain in complex with nanobody 3A02

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h77
沉积日期 deposition_date	2024-10-26
结构标题 title	MPP8 chromodomain in complex with nanobody 3A02
关键词 keywords	chromodomain, chromatin-binding, nanobody, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.53 Å
零角强度 I(0) i0	25689600.00
分子量 molecular_weight	38326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47583 Å³
包络体积 envelope_volume	61524 Å³
水化壳体积 shell_volume	20776 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.51 Å
包络 Rg envelope_rg	26.00 Å
形状 Rg shape_rg	26.48 Å
总 Rg total_rg	27.23 Å
总原子数 total_atoms	2696
残基数 n_residues	354
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8455
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.463
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.660; Smooth: 0.881

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nb 3A02
分子量 formula_weight	13241.9 kDa
突变 mutation	S8N, Q14K, T117M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2831

GAMAQVQLQENGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTLSDYVMTWVRQAPGKGPEWVSRISAGGSTRYVDSVKGRFTISRDNAKNTMYLQMNSLKPEDTAVYYCARGSTLFSTNWDYRGQGTQVMVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	M-phase phosphoprotein 8
分子量 formula_weight	7919.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GAMEDGEDVFEVEKILDMKTEGGKVLYKVRWKGYTSDDDTWEPEIHLEDCKEVLLEFRKKIAENKAKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	135

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	52.933 Å
晶胞边长 b length_b	73.454 Å
晶胞边长 c length_c	99.527 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	59.100 Å
R 因子 r_factor	0.2550
R_work r_work	0.2529
R_free r_free	0.2806

fit	/app/data/saxs_computation/h7/9h77/9h77.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/9h77/9h77.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/9h77/9h77.dat

MPP8 chromodomain in complex with nanobody 3A02

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)