9h7v

The baseplate assembly of Haloferax tailed virus 1.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 260.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h7v
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
结构标题 title	The baseplate assembly of Haloferax tailed virus 1.
关键词 keywords	Archaeal virus, tail, baseplate, tail fiber, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.56 Å
零角强度 I(0) i0	9550210000.00
分子量 molecular_weight	776480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	949150 Å³
包络体积 envelope_volume	1464800 Å³
水化壳体积 shell_volume	170870 Å³
包络直径 envelope_diameter	277.3 Å
壳层 Rg shell_rg	68.93 Å
包络 Rg envelope_rg	75.13 Å
形状 Rg shape_rg	73.53 Å
总 Rg total_rg	73.61 Å
总原子数 total_atoms	54689
残基数 n_residues	7347
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	260.3 Å
Rg (实空间) rg_real	77.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8320e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9532000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6327
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	86.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.597
峰度 Kurtosis kurtosis	0.029
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0620
最高正则化参数 α highest_alpha	698100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 0.890; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.263

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	17177.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B1,B2,B3,B4,B5,B6
原子数 atom_count	54689

MATSPEGIWSNSGALTFEDPADDSEILFAGVRDVTITPAYEHAELYTIDSTFRDEVKRYEHNVNVEITYAKFSLEFAQEWLGGPGATATASQDDSDPMKFNLENVTPSASGGFERTTAVENVVFPELPLDSATYGEYEEYSLTGSGRSVTNLADTSGV

Entity 2 polymer

描述 description	Baseplate to tube adapter protein gp41
分子量 formula_weight	30425.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BA,BB,BC

MVDATLSRGGTSVDIPLVEEGGEILLSSTFGKPEVNVRKSGGSLNPRVIDSWSGLQTFQLVGKLYDYSTSHQLADLVKTASTTPLELQIPQDAYPDTVTVAPAAGQASALTLEYPAGRKDLVDVSLSLTRVDPNSVRGVGDQQATTPTTTGTGPVEVTAGGTTVQLPSSGLSVERTVGRPNDAVRRVPRQADPRYEVKAKVTNDVFTFSFETLDNIPATLNALTDNVFREQLGRDGVTLDFNGLLGLGSVKAIPVGSSPFRQVHQAGRGWVTVPTLEFRRIYSNE

Entity 3 polymer

描述 description	Baseplate hub
分子量 formula_weight	102541.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BD,BE,BF

MPQLGDSKLGESQLGSPGTLKQGVEWTVVVDGEEQNNVWDVQVVDTANPFGDYAVFKMDDRGGQAFEAYPRGTRVEAYVSEGTEPLDNRFTGYVVERRENEQQGADVLEVEAYSFDQFLRRNTVTNDQTGNTISQALADIIQTDTPVRFNAANITVGDDQELTRSYQGDPVENALRDFAFKSTNEDFGVGDDLEFFFQPRETVHIDRGVDNTQWFRYDIPELGKEAINEVEVWFDDGEESVIVDDGTDKLDLQDSLGLPSPGTQRKELQRPLVTDISDAEDIGRKYLAFRNSTLSGTVTTYGLYDAEPGDTIDITIDPRGIDEEFVIAAIEYRWGVDETILTVVEKRGDVDDILSELSESVQRIEMQGANRDAPKNRITTTNAAAIVSVDVDAGGTSADADRFVNDGRNAVRDAWTGAGNPDIANIVVGDDNSGLSRTNTTLGNQTDSVSVTESLPSAKVVEYSATLTQSGVEEIGLETSTGTLLTRATFETPVDLSSDTVTVTLTVSNDDSVSRGVMTNDGQTAVRDVLADNSPTLPTDYGYGDDSTAVAETDTTLGNELANTSLEEILIQSASSVSAWNTILGTLASTYPLVVSSSGIRPAQTAWTTESDNLAQSGTALVTVGDYSNGEAEGLDSPGDTLELSFTPEHDIPGEEFALWCRIETDLGGTDPGPEITVTLDIDGDTYSWVPIGTNTALGLNWYDLANNTFGGSSTYPDTDIPEGSTVTLSIEATSSSVSGQGHAVDVMAPLDALTRVTGGSDATSAYTFDNNNGGSGGYLDGPELYPDQLILSLETATTRRNVSEARFTLTANDTSGNFYVELANDGSTFNRVNNATSGSVTFASPDTNVDTNISLNRYGSRSTATPQTGFNAQEIDNWELYADIDAVLPDDIGVTLSRAIIPPNTSGIVGQTVREAGLKSGSTLLTRHILAEFLLDTDQRLASSESTRFTSDN

Entity 4 polymer

描述 description	Tail fiber protein gp42
分子量 formula_weight	29020.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN,BO

MADTTIIDAVVFPQDDGTGVSNGDEDYDSAGYLASLARYAGDGSYVGGDSTGSPTLQFANIDTANEEVDIQPGHAFILESGHIVQSGSQKTYDTNLPDSVPYVVILPSSVTNVPLDTDVDNDVWLAVDPTSNDSVYIRSGNGLSAPSDPSVKLGTVNSSTGSTTRPNDLADHSVDALNATTIDASDTVTGDTVDATTTLTDAAGVSHTGELEDINHGSKHEDGGSDEISVGGLSGDLADPQDPKAHAASHSADSADEISVENLSTTGSADTVPISQGDGTLSMGS

Entity 5 polymer

描述 description	Phate tail tape measure protein
分子量 formula_weight	36043.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	QE,QF,QG,QH,QI,QJ

MVAIRSEGVSETQQNLEGVENAMEDTADSAGDSAAELETFSKRFKGAMGAAVSALAIGTAGLLSQVPVVGEAMGGLGAIIDALTMKIDEDARPAVGSFTDDLYEVAEATYEADSSLEAFQTALDGVNTAIDDVAVSTLQTEIEELTGITIPKNWLDFGWDIMTLDARQTMDNIETIINEFPEDFGTMLKSIDPRAKKGWDILTKSADMFINDLTSRIDSGVNDVRGFFTGLASDLNEWGGNVASDAREWGTNLIDKFTGGIRSKISGLRNWLSELRNIGAEVGIDVPTIGGGGDGGGGGGNSSRQPFAGGFFGGGNATIDGRQISESTGRYRSDPSRRRGI

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	135152

fit	/app/data/saxs_computation/h7/9h7v/9h7v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/9h7v/9h7v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/9h7v/9h7v.dat

The baseplate assembly of Haloferax tailed virus 1.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)