9h8q

Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant DTT-T425G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 177.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h8q
沉积日期 deposition_date	2024-10-29
结构标题 title	Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, mutant DTT-T425G
关键词 keywords	Mutant, vanillyl alcohol oxidase, ether cleavage, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.15 Å
零角强度 I(0) i0	3260550000.00
分子量 molecular_weight	477010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	594620 Å³
包络体积 envelope_volume	758270 Å³
水化壳体积 shell_volume	115270 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.5 Å
壳层 Rg shell_rg	59.12 Å
包络 Rg envelope_rg	52.08 Å
形状 Rg shape_rg	53.16 Å
总 Rg total_rg	53.27 Å
总原子数 total_atoms	33590
残基数 n_residues	4200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.4 Å
Rg (实空间) rg_real	53.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3262000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.196
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.480
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	312000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable vanillyl-alcohol oxidase
分子量 formula_weight	58815.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.38
突变 mutation	S81H, S394V, A423M, Q425G, I427T, H434Y, I445D, S518P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	36661

MTRTLPPGVSDERFDAALQRFRDVVGDKWVLSTADELEAFRDPYPVGAAEANLPSAVVSPESTEQVQDIVRIANEYGIPLHPVSTGKNNGYGGAAPRLSGSVIVKTGERMNRILEVNEKYGYALLEPGVTYFDLYEYLQSHDSGLMLDCPDLGWGSVVGNTLDRGVGYTPYGDHFMWQTGLEVVLPQGEVMRTGMGALPGSDAWQLFPYGFGPFPDGMFTQSNLGIVTKMGIALMQRPPASQSFLITFDKEEDLEQIVDIMLPLRINMAPLQNVPVLRNIFMDAAAVSKRTEWFDGDGPMPAEAIERMKKDLDLGFWNFYGTLYGPPPLIEMYYGMIKEAFGKIPGARFFTHEERDDRGGHVLQDRHKINNGIPSLDELQLLDWVPNGGHIGFVPVSAPDGREAMKQFEMVRNRANEYNKDYMAGFTIGLREMYHVCLFIYDTADPEAREEILQMTKVLVREAAEAGYGEYRTHNALMDDVMATFNWGDGALLKFHEKIKDALDPNGIIAPGKSGIWPQRFRGQNL

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus jostii RHA1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	101510
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2999

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.439 Å
晶胞边长 b length_b	110.197 Å
晶胞边长 c length_c	117.536 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.87 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	68.51 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	102.750 Å
R 因子 r_factor	0.1783
R_work r_work	0.1773
R_free r_free	0.1977

fit	/app/data/saxs_computation/h8/9h8q/9h8q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h8/9h8q/9h8q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h8/9h8q/9h8q.dat